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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000746

染色体: Chr05 坐标: 5750942-5752321 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000746
名称SmilChr05G000746
描述serine/threonine-protein kinase-like protein ACR4
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5750942 - 5752321 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985460
GeneID130985460
locus_tag-
NCBI NameLOC130985460
原始查询SmilChr05G000746

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase-like protein ACR4
产物serine/threonine-protein kinase-like protein ACR4
ArabidopsisAT5G46080 (AT5G46080)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834649]
identity=54.4; qcov=0.919; evalue=5.43e-109; confidence=high
RiceOs03g0637800 (OsCR4)
-
identity=37.9; qcov=0.873; evalue=2.45e-48; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985460

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057764428.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764428.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764428.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764428.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764428.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5751149 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:5751261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B38,B39,B97
Chr5:5751273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:5751329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr5:5751449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B107,B128,B32,B61
Chr5:5751520 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr5:5751555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B93,C42
Chr5:5751584 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B32,B48,C15,C55,C81
Chr5:5751758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr5:5751808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,C70
Chr5:5751815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B40
Chr5:5751849 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B103

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764428.1
332 aa
N
1
166
332
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 68-263 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 70-323 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764428.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 68 263 3.4e-23 83.1 Protein kinase domain
XP_057764428.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 70 323 9.1e-22 78.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908445.1
CAACCTAACATATAACCACACTATATATGAGCAAGATTTCTACCTTCCCTTACCAATCCAACCTTCTTTTTCAAACAACATTTTCCAATATTAACTTAGATTCCAACCCCATTAATACCAAACCAAAACCAATTAAACTCTTCACCTCACTTCCCTTCCCCTGTCACCAAAATTTAATTAATTTATTTTTTTCTAAATAAAAACCGGAGGGATGAGTTATGTAGAACTGAGGTTGATCTACAGTCTCCTTCTGGGCATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985460
ATGAGTTATGTAGAACTGAGGTTGATCTACAGTCTCCTTCTGGGCATTCTGGCAACCAGCATCACGATCTTCGCGGCGGTGCTTTTCTTCCTATGCAGAAAGAAGGCGATCGAGGAAGAAGACAGCGAATCAACCCCGATCGCCAAACCCTGCGCGCCGTCGTATCCTCTGATGGAGATCGACGCCGCCACCGACGGGTTCAACCACCGCAGGATAGTGGGGAAGGGGCGGATCGGCACCGTATACGCGGCGGTGACGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764428.1
MSYVELRLIYSLLLGILATSITIFAAVLFFLCRKKAIEEEDSESTPIAKPCAPSYPLMEIDAATDGFNHRRIVGKGRIGTVYAAVTPKGELVAVKRIHPRLVLNNAGFGFSSILKWLSLADHPHVVPITGFSEAPGERIIVMEFGGMLSLDFYLHQNPDGAALLDWRRRLRIAAGAARGLEYLHEEVAPPIIHGCVKPSNILVDVKLCARLCDYGLHFLAPRERQGLAGYVDDEYWKEKKGASKECDVFGFGVVLLELLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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