当前解析结果
SmilChr05G000746| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000746 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000746 |
| 描述 | serine/threonine-protein kinase-like protein ACR4 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 5750942 - 5752321 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985460 |
|---|---|
| GeneID | 130985460 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985460 |
| 原始查询 | SmilChr05G000746 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine/threonine-protein kinase-like protein ACR4 |
| 产物 | serine/threonine-protein kinase-like protein ACR4 |
| Arabidopsis | AT5G46080 (AT5G46080)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834649] identity=54.4; qcov=0.919; evalue=5.43e-109; confidence=high |
| Rice | Os03g0637800 (OsCR4)- identity=37.9; qcov=0.873; evalue=2.45e-48; confidence=medium |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985460 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057764428.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764428.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764428.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764428.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764428.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:5751149 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:5751261 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B127,B38,B39,B97 |
Chr5:5751273 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr5:5751329 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C18 |
Chr5:5751449 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A9,B107,B128,B32,B61 |
Chr5:5751520 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr5:5751555 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B126,B93,C42 |
Chr5:5751584 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B32,B48,C15,C55,C81 |
Chr5:5751758 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B113 |
Chr5:5751808 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B50,C70 |
Chr5:5751815 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,B40 |
Chr5:5751849 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B103 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764428.1PF00069
Pkinase 68-263 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 70-323 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764428.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 68 | 263 | 3.4e-23 | 83.1 | Protein kinase domain |
XP_057764428.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 70 | 323 | 9.1e-22 | 78.3 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。