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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000813

染色体: Chr05 坐标: 6336534-6337913 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000813
名称SmilChr05G000813
描述sphingolipid delta(4)-desaturase DES1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向6336534 - 6337913 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985526
GeneID130985526
locus_tag-
NCBI NameLOC130985526
原始查询SmilChr05G000813

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sphingolipid delta(4)-desaturase DES1-like
产物sphingolipid delta(4)-desaturase DES1-like
ArabidopsisAT4G04930 (DES-1-LIKE)
fatty acid desaturase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825832]
identity=79.1; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0639600
-
identity=79.5; qcov=0.976; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0042284 (sphingolipid delta-4 desaturase activity); GO:0046513 (ceramide biosynthetic process)
KEGGsmil00600 (Sphingolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00487 (FA_desaturase); PF08557 (Lipid_DES)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985526

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057764511.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057764511.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764511.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764511.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764511.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:6336736 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B111,C19
Chr5:6336736 CT C 1bp_deletion CDS_variant 2 B111,C19
Chr5:6336768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B47
Chr5:6336853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr5:6337012 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B14,B88,C36
Chr5:6337105 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B130,B137,B64,C29
Chr5:6337407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr5:6337411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C23
Chr5:6337462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr5:6337665 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 4 B126,B133,C49,C67
Chr5:6337665 C CG 1bp_insertion CDS_variant 4 B126,B133,C49,C67
Chr5:6337716 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 7 B101,B11,B78,C31,C59,C85,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764511.1
330 aa
N
1
165
330
Lipid_DES
FA_desaturase
C
PF08557 Lipid_DES 14-48 aa PF00487 FA_desaturase 72-290 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764511.1 Pfam PF08557 Lipid_DES Domain 14 48 5.7e-20 71.2 Sphingolipid Delta4-desaturase (DES)
XP_057764511.1 Pfam PF00487 FA_desaturase Domain 72 290 9.5e-27 95.1 Fatty acid desaturase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908528.1
AATCCCCTTGGAACCCACAAACAAAAATCTGTTTCCGGAAAAAAGAAAAAAAACAACACAAGAGGTGGTGGGGAGAGAGTCCAAAGCAGCGAGGAGAGGAGAAAAGAAGAATGGGATACCAAAGCGGAGAAGAAGAAGAGGGAGTCATGGCTACTGACTTTTTCTGGTCTTACACAGACGAGCCACATGCCTCCCGCAGAAAAATCATCCTCTCCAAATACCCTCAAATAAAACAACTCTTTGGCCCCGACCCCTTTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985526
ATGGGATACCAAAGCGGAGAAGAAGAAGAGGGAGTCATGGCTACTGACTTTTTCTGGTCTTACACAGACGAGCCACATGCCTCCCGCAGAAAAATCATCCTCTCCAAATACCCTCAAATAAAACAACTCTTTGGCCCCGACCCCTTTGCTTCCCTCCAGATTGCTGCGGTTGTATTGATTCAACTATGGACCGCAGCTTTCCTCAGCAATGCATCATGGTTGAACATCCTAATCGTAGCTTACTTCTTTGGCTCTTTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764511.1
MGYQSGEEEEGVMATDFFWSYTDEPHASRRKIILSKYPQIKQLFGPDPFASLQIAAVVLIQLWTAAFLSNASWLNILIVAYFFGSFLNNNLFLAIHELSHNLAFSTPHYNRWLGIFANLPIGVPMSVTFQKYHLEHHRYQGVDGVDMDIPSKTEAFLVRNAFTKSIWVMLQLFFYALRPLFLKPKPPGLWEFVNLIVQVGLDVGMVYVWGWKALGYLILSTFVGGGMHPMAGHFISEHYVFNRDQETYSYYGPLNLMTWN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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