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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001072

染色体: Chr05 坐标: 8863706-8868645 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001072
名称SmilChr05G001072
描述protein DETOXIFICATION 40-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向8863706 - 8868645 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985749
GeneID130985749
locus_tag-
NCBI NameLOC130985749
原始查询SmilChr05G001072

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DETOXIFICATION 40-like
产物protein DETOXIFICATION 40-like
ArabidopsisAT3G21690 (AT3G21690)
MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821723]
identity=67.9; qcov=0.888; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0572900 (PEZ2)
-
identity=66; qcov=0.91; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0042910 (xenobiotic transmembrane transporter activity); GO:1990961 (xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane)
KEGG-
PfamPF01554 (MatE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985749

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057764840.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057764840.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057764840.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764840.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764840.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:8863855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C61,C8,D6
Chr5:8863991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B83,C10,C84
Chr5:8864006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,C20,D4
Chr5:8865352 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr5:8867759 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,C38,C8
Chr5:8867831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr5:8868311 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B49,B55
Chr5:8868383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,C17,C38
Chr5:8868426 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B25,B77
Chr5:8868455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:8868471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B77
Chr5:8868591 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 44 A10,A11,B101,B102,B104,B105,B131,B135,B19,B21,B22,B23,B25,B3,B4,B42,B43,B54,B56,B62,B68,B72,B73,B75,B77,B8,B80,B96,C17,C39,C4,C40,C48,C50,C56,C57,C74,C82,C83,C85,D1,D2,D3,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764840.1
536 aa
N
1
268
536
MatE
MatE
C
PF01554 MatE 91-250 aa PF01554 MatE 314-474 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764840.1 Pfam PF01554 MatE Family 91 250 2.9e-61 206.6 MatE
XP_057764840.1 Pfam PF01554 MatE Family 314 474 2.9e-61 206.6 MatE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908857.1
ATGTGATGTTAGGGCGCGAAGTATATATAGTAGTATGTATATTACAAATCCATATATATCTTAGTACACTAAATACGACTGCTGTGTTTCCTCTACACAATCATTTGCTTGTGTTGGTTAAATCTATGGAGCACGAGCAGAATGAAGCAGCAGTGCAAGTGGCTCATTCGAGCTCGGAGCTGGAAAAGGTGCTGTCAGACATGGATTTGGCATGGTCGACGCGATACAAGAAGGCCTCCTGGATTGAGCTCAAACTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985749
ATGTTAGGGCGCGAAGTATATATAGTAGTATGTATATTACAAATCCATATATATCTTAGTACACTAAATACGACTGCTGTGTTTCCTCTACACAATCATTTGCTTGTGTTGGTTAAATCTATGGAGCACGAGCAGAATGAAGCAGCAGTGCAAGTGGCTCATTCGAGCTCGGAGCTGGAAAAGGTGCTGTCAGACATGGATTTGGCATGGTCGACGCGATACAAGAAGGCCTCCTGGATTGAGCTCAAACTCCTCTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764840.1
MLGREVYIVVCILQIHIYLSTLNTTAVFPLHNHLLVLVKSMEHEQNEAAVQVAHSSSELEKVLSDMDLAWSTRYKKASWIELKLLFKLAAPAVMMYLINNSMSMSTRIFSGHLGNLEFAAACLGNQGIQLFAYGLLLGMGSAVETLCGQAYGAGRYEMLGVYLQRATVVLTLFSLPIVVVYLLSRQLLLAIGEEKQVAELASVFVYGLIPQVFAYAVNFPIQKFLQAQSIVGPSAAISVATLAVHLGLSWTAVYRIGMGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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