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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001317

染色体: Chr05 坐标: 11324444-11330338 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001317
名称SmilChr05G001317
描述thiosulfate/3-mercaptopyruvate sulfurtransferase 1, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向11324444 - 11330338 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986017
GeneID130986017
locus_tag-
NCBI NameLOC130986017
原始查询SmilChr05G001317

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述thiosulfate/3-mercaptopyruvate sulfurtransferase 1, mitochondrial-like
产物thiosulfate/3-mercaptopyruvate sulfurtransferase 1%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G79230 (MST1)
mercaptopyruvate sulfurtransferase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844264]
identity=77.2; qcov=0.968; evalue=3.6e-163; confidence=high
RiceOs12g0608600 (STR22)
-
identity=73.9; qcov=0.968; evalue=8.93e-153; confidence=high
GOGO:0004792 (thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0019346 (transsulfuration)
KEGGsmil00270 (Cysteine and methionine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00920 (Sulfur metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04122 (Sulfur relay system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00581 (Rhodanese)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986017

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057765262.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765265.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.60000 XP_057765262.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057765263.1
5 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057765263.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:11324778 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 4 A11,B33,B68,C48
Chr5:11324778 G GGT 2bp_insertion CDS_variant 4 A11,B33,B68,C48
Chr5:11325069 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C65
Chr5:11325069 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C65
Chr5:11327432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:11327461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B84,B99,C87
Chr5:11328415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B101,B54,C35,C44
Chr5:11328898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B112
Chr5:11328916 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765262.1
323 aa
N
1
162
323
Rhodanese
Rhodanese
C
PF00581 Rhodanese 25-144 aa PF00581 Rhodanese 195-308 aa
XP_057765263.1
302 aa
N
1
151
302
Rhodanese
Rhodanese
C
PF00581 Rhodanese 65-123 aa PF00581 Rhodanese 174-287 aa
XP_057765264.1
281 aa
N
1
140
281
Rhodanese
C
PF00581 Rhodanese 25-144 aa
XP_057765265.1
277 aa
N
1
138
277
Rhodanese
Rhodanese
C
PF00581 Rhodanese 8-98 aa PF00581 Rhodanese 149-262 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765262.1 Pfam PF00581 Rhodanese Domain 25 144 9.4e-29 100.6 Rhodanese-like domain
XP_057765262.1 Pfam PF00581 Rhodanese Domain 195 308 9.4e-29 100.6 Rhodanese-like domain
XP_057765263.1 Pfam PF00581 Rhodanese Domain 65 123 6.1e-23 81.9 Rhodanese-like domain
XP_057765263.1 Pfam PF00581 Rhodanese Domain 174 287 6.1e-23 81.9 Rhodanese-like domain
XP_057765264.1 Pfam PF00581 Rhodanese Domain 25 144 1.3e-20 74.4 Rhodanese-like domain
XP_057765265.1 Pfam PF00581 Rhodanese Domain 8 98 4.1e-27 95.3 Rhodanese-like domain
XP_057765265.1 Pfam PF00581 Rhodanese Domain 149 262 4.1e-27 95.3 Rhodanese-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909279.1
CAAATGATACCTGTAGTTAATGTTATCAGACAAAGCAGATTTTGTATGGTAATGGTATAGCCGATTCATGAGTTTTAATTTTAAATGGCATTTAGCGTTTTGCGTAGGGCCCTCTCACCACACTGCAGTCTTCACTCTTCATATTCTTGTTCATCTCTCTTCCAAAATTCCCAATGCTTTACCTTCATATTCACTAAAGAACAATTGAGCTCATGCTCGGTCTCCTCCCATTTGTTGTATAAGACTCCGGGCTCAAATTT...
XM_057909280.1
GCAGATTTTGTATGGTAATGGTATAGCCGATTCATGAGTTTTAATTTTAAATGGCATTTAGCGTTTTGCGTAGGGCCCTCTCACCACACTGCAGTCTTCACTCTTCATATTCTTGTTCATCTCTCTTCCAAAATTCCCAATGCTTTACCTTCATATTCACTAAAGAACAATTGAGCTCATGCTCGGTCTCCTCCCATTTGTTGTATAAGACTCCGGGCTCAAATTTCACGTGACATGTCTAAAGCAGCTGTTGCATCGCA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130986017
ATGTCTAAAGCAGCTGTTGCATCGCAAGGTTTGCTTACCATGCAGTCCTTGTCAACAAGTGAGCCTGTTGTTTCAGTTAACTGGCTTCACGCAAACCTACGAGAACCGGATTTGAAGGTGTTGGATGCATCCTGGTACATGCCAGATGAACGAAGAAATCCAGTTCAAGAATATCAGTTGCCGCATATGTTGCCATCAAAAGAAGCATTTGCTGCTGCTGTTTCTGCCCTTGGCATTGAGAATAAAGACTATATTGTTGT...
LOC130986017
ATGTCTAAAGCAGCTGTTGCATCGCAAGGTTTGCTTACCATGCAGTCCTTGTCAACAAGTGAGCCTGTTGTTTCAGTTAACTGGCTTCACGCAAACCTACGAGAACCGGATTTGAAGGTGTTGGATGCATCCTGGTACATGCCAGATGAACGAAGAAATCCAGTTCAAGAATATCAGGTTGCCCATATTCCTGGTGCACTTTTATTTGATATTGATGGCATCTCAGATCAAACTACTGATTTGCCGCATATGTTGCCATC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057765262.1
MSKAAVASQGLLTMQSLSTSEPVVSVNWLHANLREPDLKVLDASWYMPDERRNPVQEYQVAHIPGALLFDIDGISDQTTDLPHMLPSKEAFAAAVSALGIENKDYIVVYDGKGIFSAARVWWMFRVFGHEKIWVLDGGLPRWRALGFDVESSVSNDAILKASAASEAIEEVYKGHRVELITFQTKFQPHLVWMMEQVRKNIDEQTYQHVDARSKARFDGVAPEPRKGIRSGHIPGSKCLPFPQVLDDSQMLLSADELKKI...
XP_057765263.1
MSKAAVASQGLLTMQSLSTSEPVVSVNWLHANLREPDLKVLDASWYMPDERRNPVQEYQLPHMLPSKEAFAAAVSALGIENKDYIVVYDGKGIFSAARVWWMFRVFGHEKIWVLDGGLPRWRALGFDVESSVSNDAILKASAASEAIEEVYKGHRVELITFQTKFQPHLVWMMEQVRKNIDEQTYQHVDARSKARFDGVAPEPRKGIRSGHIPGSKCLPFPQVLDDSQMLLSADELKKILDQEGISVDRPVMVSCGTGVT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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