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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001372`

染色体: Chr05 坐标: 12244082-12254511 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001372`
名称	SmilChr05G001372
描述	DNA repair protein recA homolog 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	12244082 - 12254511 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986065`
GeneID	`130986065`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986065`
原始查询	`SmilChr05G001372`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA repair protein recA homolog 1, chloroplastic
产物	DNA repair protein recA homolog 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G79050` (RECA1) recA DNA recombination family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844246] identity=86.9; qcov=0.841; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0639700` (RecA) - identity=80.9; qcov=0.93; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006281 (DNA repair); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140664 (ATP-dependent DNA damage sensor activity)
KEGG	smil03440 (Homologous recombination - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00154 (RecA_N); PF06745 (ATPase); PF08423 (Rad51); PF21096 (RecA_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986065

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057765327.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057765327.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057765327.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765327.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765327.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:12244251`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B128,B90,B92
`Chr5:12244278`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr5:12245711`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B93
`Chr5:12246659`	`CGT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A25
`Chr5:12246659`	`CGT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765327.1

416 aa

208

416

RecA_N

ATPase

Rad51

RecA_C

PF00154 RecA_N 68-330 aa PF06745 ATPase 101-173 aa PF08423 Rad51 102-285 aa PF21096 RecA_C 333-388 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765327.1`	Pfam	`PF00154`	RecA_N	Domain	68	330	4.5e-115	384.3	RecA N-terminal domain
`XP_057765327.1`	Pfam	`PF06745`	ATPase	Domain	101	173	2.9e-07	30.8	KaiC
`XP_057765327.1`	Pfam	`PF08423`	Rad51	Domain	102	285	2.8e-06	27.5	Rad51
`XP_057765327.1`	Pfam	`PF21096`	RecA_C	Domain	333	388	1.7e-22	80.0	RecA C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909344.1
AAATTTTCACAGAGCGCCACTTCCGTTGCCTTTTTGCTACTGCAATACATACAACATATTCTTTGAGTGAGAATCGTAAACAGATATTCGCACTAAGATTTTATTGGATAGCATAACACAGAGCACAAATAAATGGATTTTGTTTTCCCGCTACAAACTCGGTGTGTGTCGCTCAAACCCAAGAATTGCAGCCCGCCAAATGCTCCTACGCTACGAGGTTTGGTTCAGGGAAGTCGGAAAACCCCCAAAAATGCTAGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986065
ATGGATTTTGTTTTCCCGCTACAAACTCGGTGTGTGTCGCTCAAACCCAAGAATTGCAGCCCGCCAAATGCTCCTACGCTACGAGGTTTGGTTCAGGGAAGTCGGAAAACCCCCAAAAATGCTAGGGTTCGTTCGGAATTCGACGCTAAACCAAACGGCGCCCTATCTGCTGACTTCGACCCTCGTTTCACTGACAGGCAAAAGGCCCTTGAAGCTGCCATGAACGACATCAATAGCTCTTTCGGGAAAGGAAGTGTTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765327.1
MDFVFPLQTRCVSLKPKNCSPPNAPTLRGLVQGSRKTPKNARVRSEFDAKPNGALSADFDPRFTDRQKALEAAMNDINSSFGKGSVTRLGSAGGALVETFPSGCLTLDFALGGGLPKGRIVEIYGPESSGKTTLALHAIAEVQRLGGNAMLVDAEHAFDPSYSKSLGVDVENLIVCQPDNGEMALEIADRICRSGAVDLICIDSVSALTPRAEIEGEIGMQQMGLQARLMSQALRKMSGNASKAGCTLIFLNQIRHKIGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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