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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001538

染色体: Chr05 坐标: 14073817-14075360 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001538
名称SmilChr05G001538
描述probable long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase 5
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向14073817 - 14075360 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986230
GeneID130986230
locus_tag-
NCBI NameLOC130986230
原始查询SmilChr05G001538

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase 5
产物probable long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase 5
ArabidopsisAT5G55350 (AT5G55350)
MBOAT (membrane bound O-acyl transferase) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835628]
identity=40.9; qcov=0.997; evalue=1.12e-76; confidence=medium
RiceOs02g0454500
-
identity=38.7; qcov=1.02; evalue=6.11e-70; confidence=medium
GOGO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0008374 (GO:0008374)
KEGGsmil00073 (Cutin, suberine and wax biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF13813 (MBOAT_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986230

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057765553.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057765553.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765553.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765553.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765553.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:14073964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:14074150 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr5:14074192 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B17
Chr5:14074192 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B17
Chr5:14074346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr5:14074434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B61,B8,D7
Chr5:14074476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:14074673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B65,C50,C8
Chr5:14074686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr5:14074708 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,A24,C20,D4
Chr5:14074770 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C25
Chr5:14074770 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765553.1
351 aa
N
1
176
351
MBOAT_2
C
PF13813 MBOAT_2 183-266 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765553.1 Pfam PF13813 MBOAT_2 Family 183 266 1.2e-14 55.1 Membrane bound O-acyl transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909570.1
AATGTGTTATGTAGGTTGGGACATCCCAAAATAGAATACATGTCATGAACAATAGGACGAAGTGAGTATCTTGCCAGTACACTGATTAAGACATGAATGGTAATTTACGTATTTTAGACACAAGAATCAAGATCAAGTTTTTATAATAAATGGGCATTTTTAATTTTTGACTTAATAAAATTGGCATAAATTTTTCTGCCTCTTTTTAAAAACACTACTTATTCCATATTTTAATACCACGACGGTGAGGCTGGATAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986230
ATGGAAGAGGAAATCAAGAATGTAAGTTGTGTTTGGTTAGCGGTGATTGGGGCCTTCTGTTATTGCCGTTTGGTTTCTTCAAGATTGTCCATCCCTAAATGGAGGCTCATCTCCATCGCTCCCGTGCTCTGCCTCTTGGCGGTTGCGCCGCTCTGTATACGCTCCTCCGCCTTCATCACGGCCCTCACCGCTTTCTTCATAACCTGGCTCGCCACTTTCAAGCTACTCCTCTTCGCCTTCGATTTGGGCCCTCTCGCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765553.1
MEEEIKNVSCVWLAVIGAFCYCRLVSSRLSIPKWRLISIAPVLCLLAVAPLCIRSSAFITALTAFFITWLATFKLLLFAFDLGPLASNPPKSLPVFVALAALPFRLKPPATAKKSKKLPLNLATEIPISAVLISALFEYKEKMHPFLVLVAYCCLVFLMIEILVEMSSKLVRAVVGMELEPPSDEPYLSASLQEFWGRRWNLTVNSILREAVFGPVRRATAGAVGGETAALMGVLASFVVSGLMHELLFWYVAPGTPPSW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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