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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001631

染色体: Chr05 坐标: 15234079-15237970 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001631
名称SmilChr05G001631
描述probable isoprenylcysteine alpha-carbonyl methylesterase ICMEL2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向15234079 - 15237970 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986309
GeneID130986309
locus_tag-
NCBI NameLOC130986309
原始查询SmilChr05G001631

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable isoprenylcysteine alpha-carbonyl methylesterase ICMEL2
产物probable isoprenylcysteine alpha-carbonyl methylesterase ICMEL2
ArabidopsisAT5G15860 (PCME)
prenylcysteine methylesterase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831443]
identity=69.5; qcov=0.8; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0708100 (IMCEL1)
-
identity=61.2; qcov=0.89; evalue=8.54e-178; confidence=high
GO-
KEGGsmil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00135 (COesterase); PF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986309

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057765668.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057765668.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057765668.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765668.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765668.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:15234317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:15234320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B79
Chr5:15234326 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,A2,A7
Chr5:15234858 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B31,B57,B90,B92
Chr5:15234866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B101,B37,B70,C76
Chr5:15234892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr5:15236733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B55,B78,C23,D9
Chr5:15237141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,D11
Chr5:15237781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765668.1
455 aa
N
1
228
455
COesterase
BD-FAE
Abhydrolase_3
C
PF00135 COesterase 171-279 aa PF20434 BD-FAE 171-379 aa PF07859 Abhydrolase_3 188-396 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765668.1 Pfam PF00135 COesterase Domain 171 279 3.4e-13 50.1 Carboxylesterase family
XP_057765668.1 Pfam PF20434 BD-FAE Domain 171 379 2.2e-26 93.4 BD-FAE
XP_057765668.1 Pfam PF07859 Abhydrolase_3 Domain 188 396 1.2e-15 58.6 alpha/beta hydrolase fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909685.1
TCTCTCTCTGCCAAACCTGTGTTCAATTTTAACTAACTTAACGTCTATTGAGATCTCTCCCAACCCCAATCCAACTCACAAAATTAAATCATTTCACATAAATTTTGCATAAATGCGATCACATCTACTTGCGGCATCTAATCCCCACACACCATCATCATCATCGTCTGGAATGATGAAAAATGCTGCCGCATTGCTCTTAAGATCAGAACATGATTCGGCCGCCGACTCCACCAGCATTTTCATGCCCTCCTCGTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986309
ATGCGATCACATCTACTTGCGGCATCTAATCCCCACACACCATCATCATCATCGTCTGGAATGATGAAAAATGCTGCCGCATTGCTCTTAAGATCAGAACATGATTCGGCCGCCGACTCCACCAGCATTTTCATGCCCTCCTCGTCCGAGATCGAGCAGAAGCCCCTCATCCCGAGAACACCCAGCTACGCAAATGACAAATCCACTCCCGATCAGAAGAGGAAGCAGCGGCGCCGCCGCGAGACCTCCGTCGTCACCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765668.1
MRSHLLAASNPHTPSSSSSGMMKNAAALLLRSEHDSAADSTSIFMPSSSEIEQKPLIPRTPSYANDKSTPDQKRKQRRRRETSVVTLSLGGTRRRFGRMTIAPSETFLITRLTFKLLGLLGVGYRWIMRFMALGFYAFLLMPGFIQVGYYYFYSNRIRRSIVYGEQPRNRLDLYLPVNKDGAKPVVAFVTGGAWIIGYKAWGSLLGLQLSDRDIIVACIDYRNFPQGTIGEMVQDAAEGISFVCNNIAAYGGDPNRIYVM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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