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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001706

染色体: Chr05 坐标: 16296024-16296868 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001706
名称SmilChr05G001706
描述protein DETOXIFICATION 33-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向16296024 - 16296868 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025572
GeneID131025572
locus_tag-
NCBI NameLOC131025572
原始查询SmilChr05G001706

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DETOXIFICATION 33-like
产物protein DETOXIFICATION 33-like
ArabidopsisAT1G47530 (AT1G47530)
MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841162]
identity=56.2; qcov=0.685; evalue=4.54e-61; confidence=high
RiceOs03g0626700
-
identity=62.9; qcov=0.685; evalue=5.76e-72; confidence=high
GOGO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0042910 (xenobiotic transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF01554 (MatE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025572

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057811355.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057811355.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057811355.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057811355.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811355.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:16296092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr5:16296108 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr5:16296114 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr5:16296158 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B96
Chr5:16296166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B36,B46
Chr5:16296168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C60
Chr5:16296170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr5:16296171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B86,C70
Chr5:16296258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B56
Chr5:16296271 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 10 B112,B115,B13,B138,B60,B64,B77,C19,C33,C48
Chr5:16296272 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 23 B119,B122,B123,B125,B132,B137,B26,B28,B31,B54,B59,B79,B95,B98,C22,C39,C42,C47,C56,C65,C68,C8,D7
Chr5:16296299 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 17 B10,B114,B132,B37,B68,B69,B78,B8,B85,B90,B92,C12,C15,C20,C35,C81,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811355.1
260 aa
N
1
130
260
MatE
C
PF01554 MatE 82-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811355.1 Pfam PF01554 MatE Family 82 194 9.5e-23 81.4 MatE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955372.1
CTTGACAGCTGTTTTCAGCTTCCCTGCGACAACTTTAGGCATCGCCTTGGTTTTTTTGACAGATGAGACCCTCTCCTCGGCGGCGGTCCGCTTGGCTTGAGTCGACGGTGCAGCGTCATGAATGCTCCAGCACCGACAGTGAGCCTCGGTGGCGGGAGTGGAGATCGCTGCTGCTCATGCCAGGAGACGGAAGCATGGTAGAAGTTGAGGTTGAACTCGCCGGATATCCATGGCGGCGGCAATCTTCAGAAAAAAAACTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025572
ATGAGACCCTCTCCTCGGCGGCGGTCCGCTTGGCTTGAGTCGACGGTGCAGCGTCATGAATGCTCCAGCACCGACAGTGAGCCTCGGTGGCGGGAGTGGAGATCGCTGCTGCTCATGCCAGGAGACGGAAGCATGGTAGAAGTTGAGGTTGAACTCGCCGGATATCCATGGCGGCGGCAATCTTCAGAAAAAAAACTGAGAGAAGCAGCAGCAGTTCATGGTAACTCCAACAAGAGGTGGTGGATGGGCTGTGCGCTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811355.1
MRPSPRRRSAWLESTVQRHECSSTDSEPRWREWRSLLLMPGDGSMVEVEVELAGYPWRRQSSEKKLREAAAVHGNSNKRWWMGCALETLCGQAVGGGRYEMLGIYMQRSCIITLVTALFLTPLYIFTSPILKLLRQKHEIADLAGKYAQWVIPQFFAYAVNFPVQKFLQAQSKIWVMTVISVAVLGFHVVLNWILITKLDKGLAGAAVAENVSWWLVVLAQVIYVVADFFPESWTGFSMSAFKSLLGFVKLSLASAVMLW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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