Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001745

染色体: Chr05 坐标: 16950788-17012130 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001745
名称SmilChr05G001745
描述LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 1.2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向16950788 - 17012130 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986432
GeneID130986432
locus_tag-
NCBI NameLOC130986432
原始查询SmilChr05G001745

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 1.2
产物LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 1.2
ArabidopsisAT1G18390 (AT1G18390)
Serine/Threonine kinase family catalytic domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838420]
identity=33.3; qcov=0.75; evalue=1.39e-17; confidence=low
RiceOs01g0136450
-
identity=31.8; qcov=0.932; evalue=1.96e-08; confidence=low
GOGO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG-
PfamPF13947 (GUB_WAK_bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986432

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057765821.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057765821.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765821.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765821.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765821.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:16950971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C16
Chr5:16951024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr5:16951082 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B135,C16
Chr5:16951082 GC G 1bp_deletion CDS_variant 2 B135,C16
Chr5:16951095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B35,B77,C60,C71
Chr5:16951200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B132,B66
Chr5:16951207 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 12 A2,A21,A6,B140,B20,B42,B43,B82,B93,C15,C58,C78
Chr5:16951222 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 3 B124,B132,B66
Chr5:16951222 A AG 1bp_insertion CDS_variant 3 B124,B132,B66
Chr5:16951260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B35,B77,C60,C71
Chr5:16951281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C16
Chr5:16951294 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B124,B132,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765821.1
192 aa
N
1
96
192
GUB_WAK_bind
C
PF13947 GUB_WAK_bind 33-98 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765821.1 Pfam PF13947 GUB_WAK_bind Domain 33 98 2.5e-14 54.1 Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909838.1
TTTAATTTGTTGAGAGAAACTTCATATATTGCTCCCTTTTCATCCTCATCTCCTCGAACCTGCTCATTCCAACATATATACAGTTTCTCTTCATCTTGTTTCATCAAGATTTAGACATGAAAAAAGACAACCTCCACACTTTCTGGCTCTACATATTCTCTCTCATCATCTTATCCAAAGTTTGCTGTGGGGCAGATTACCAGTTCGAAGCTTGCGCGCCGACAAATTGCAGCGGCGGCGGTCCCAGGATAAGCTTCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986432
ATGAAAAAAGACAACCTCCACACTTTCTGGCTCTACATATTCTCTCTCATCATCTTATCCAAAGTTTGCTGTGGGGCAGATTACCAGTTCGAAGCTTGCGCGCCGACAAATTGCAGCGGCGGCGGTCCCAGGATAAGCTTCCCATTTTTCCTCCCAACAGCTCAAGAATCTTACTGCGGCTACCCAGGATTCGCGATCGGTTGCAGAAACGGACTTCCGTCACTGAATATGTCTGAAAATGAGTATATTGTTGAAGACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765821.1
MKKDNLHTFWLYIFSLIILSKVCCGADYQFEACAPTNCSGGGPRISFPFFLPTAQESYCGYPGFAIGCRNGLPSLNMSENEYIVEDIFYHNRSLRVFDAAAISEEISSCAPRIRTNTSIPEGRFDYVGGTTLNLLYGCKNVSEELLRYEVGCNSSRKGSTETLAMYGGNRNLMRALESNPRERGRTCGVVWG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器