Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002036`

染色体: Chr05 坐标: 21195994-21197891 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002036`
名称	SmilChr05G002036
描述	fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	21195994 - 21197891 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986676`
GeneID	`130986676`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986676`
原始查询	`SmilChr05G002036`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
产物	fructose-bisphosphate aldolase 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT4G38970` (FBA2) fructose-bisphosphate aldolase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830052] identity=85.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0171300` (Aldo) - identity=85; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004332 (fructose-bisphosphate aldolase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0006096 (glycolytic process); GO:0030388 (fructose 1,6-bisphosphate metabolic process)
KEGG	smil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00030 (Pentose phosphate pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00051 (Fructose and mannose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00710 (Carbon fixation by Calvin cycle - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00274 (Glycolytic)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986676

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057766128.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057766128.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766128.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766128.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766128.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:21196291`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr5:21196306`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:21196369`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B62,C34
`Chr5:21196420`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,C45,C85,C86
`Chr5:21196751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr5:21196917`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr5:21197278`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr5:21197615`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766128.1

394 aa

197

394

Glycolytic

PF00274 Glycolytic 50-394 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766128.1`	Pfam	`PF00274`	Glycolytic	Domain	50	394	2e-158	527.5	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910145.1
ACGTGTGAGTAGATGAGTGGCGACTGCATGATGGCCTCAAAACATATATCTCCCAAGAAGTATATATATCTGCAGCTGTCTTAAAACTAGTGCAGTGTGAAATTTGTGGGAGGGAGTGAGCTTCAAAGGGATAATATTATCATCAAATCTAGAGAGAGAGAGAGAGAAAATGGCTTCTGCATCCCTCCTCAAGTCGTCGCCGGTTCTTGACAAGTGGGAGTTTGTGAAGGGACAGCCCCTCCTCCGCCAGCACTCCGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986676
ATGGCTTCTGCATCCCTCCTCAAGTCGTCGCCGGTTCTTGACAAGTGGGAGTTTGTGAAGGGACAGCCCCTCCTCCGCCAGCACTCCGTGGCCGCCGTCCGCTACCAGCCGTCCGCCCTCACCGTCCGTGCCACCTCGTACGCCGATGAGCTTGTTAAGACTGCGAAAACTGTTGCCTCCCCCGGGCGAGGAATCCTGGCGATGGACGAATCGAACGCGACGTGCGGGAAGCGTCTGGCGTCGATTGGGCTGGAGAACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766128.1
MASASLLKSSPVLDKWEFVKGQPLLRQHSVAAVRYQPSALTVRATSYADELVKTAKTVASPGRGILAMDESNATCGKRLASIGLENTEANRQAYRTLLVTAPGLGQYISGAILFEETLYQSTVDGKKIVDILVEQDIVPGIKVDKGLVPLAGSNNESWCQGLDGLASRSAAYYQQGARFAKWRTVVSIPNGPTALAVKEAAWGLARYAAISQDNGLVPIVEPEILLDGEHSIERTFEVAQQVWAEVFFYLAENNVLFEGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器