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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002103

染色体: Chr05 坐标: 22033520-22037204 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002103
名称SmilChr05G002103
描述chaperone protein dnaJ 49-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向22033520 - 22037204 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986731
GeneID130986731
locus_tag-
NCBI NameLOC130986731
原始查询SmilChr05G002103

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述chaperone protein dnaJ 49-like
产物chaperone protein dnaJ 49-like
ArabidopsisAT3G57340 (AT3G57340)
DnaJ heat shock amino-terminal domain protein (DUF1977) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824901]
identity=54.7; qcov=1.03; evalue=6.95e-125; confidence=high
RiceOs01g0556400 (OsDjC9)
-
identity=52.7; qcov=1.07; evalue=6e-116; confidence=high
GOGO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0030433 (GO:0030433); GO:0030544 (Hsp70 protein binding); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0071218 (cellular response to misfolded protein)
KEGGsmil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00226 (DnaJ); PF09320 (DUF1977)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986731

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057766211.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057766211.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057766211.1
4 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057766211.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766211.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:22035803 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr5:22035824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr5:22035924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B133,C15
Chr5:22036037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B42,B43
Chr5:22036369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr5:22036438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,D6
Chr5:22036477 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,D6
Chr5:22036646 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:22036732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr5:22036768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:22036774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B133,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766211.1
363 aa
N
1
182
363
DnaJ
DUF1977
C
PF00226 DnaJ 113-174 aa PF09320 DUF1977 271-340 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766211.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 113 174 2.3e-24 86.0 DnaJ domain
XP_057766211.1 Pfam PF09320 DUF1977 Family 271 340 1.5e-07 32.2 Domain of unknown function (DUF1977)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910228.1
GGGAGCACAATTTTTTTGAGCAAGCAATGAATATATTACATAAATTGATACAATTACGAAAAGAGATGGCTATGATTTTAGTATATAGAAATTTATTACTCCTATTTATGTATTTCCCTTGAAATACAGTTTAAAGTTAAATACTCTGACTTTTAACTCATCGATCATCTGAATTGTGGATCCTCGCAGAGACCAAAACCCCTCTGACTCTGTGTTCATCGCACAACTTCCCTAATTCCAATCCAATTGAATTTCTGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986731
ATGGATGGGAACAAAGATGAAGCCTTGAAGTGTCTGAACATCGCCAAGAATTCAATTCAATCGGGCGACAGAGATCGCGCCCTCAAATTCCTCAACAAAGCCCGTAGGTTAGACCCATCCATTCAAATCGACCAATTCCTGTCCAATCTCAGCTCTTCACCGCCGGAAGAGAAGAACCCTAATGCCCCCACCGACGAGAATCCCTCCGATCCATCAGAAAGCGGGCCCCGACGTAGGGTTCCGGCCGCCGCGCGATCAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766211.1
MDGNKDEALKCLNIAKNSIQSGDRDRALKFLNKARRLDPSIQIDQFLSNLSSSPPEEKNPNAPTDENPSDPSESGPRRRVPAAARSTSSSSAASATYNEEQVAVVREIKRKKDYYEILGLEKNCTGEDVRKAYRKLSLKVHPDKNTAPGAEEAFKMVSKAFQCLSNEESRKKYDVVGSDEPVYERRGRGGGNGMRGFNGFYEADVDAEEIFRNFFFGGMHPATTANFGGFTFGNGVRVRTGGVGVDHGPNWLRTVVQLLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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