当前解析结果
SmilChr05G002103| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002103 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002103 |
| 描述 | chaperone protein dnaJ 49-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 22033520 - 22037204 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986731 |
|---|---|
| GeneID | 130986731 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986731 |
| 原始查询 | SmilChr05G002103 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | chaperone protein dnaJ 49-like |
| 产物 | chaperone protein dnaJ 49-like |
| Arabidopsis | AT3G57340 (AT3G57340)DnaJ heat shock amino-terminal domain protein (DUF1977) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824901] identity=54.7; qcov=1.03; evalue=6.95e-125; confidence=high |
| Rice | Os01g0556400 (OsDjC9)- identity=52.7; qcov=1.07; evalue=6e-116; confidence=high |
| GO | GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0030433 (GO:0030433); GO:0030544 (Hsp70 protein binding); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0071218 (cellular response to misfolded protein) |
| KEGG | smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00226 (DnaJ); PF09320 (DUF1977) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986731 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057766211.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057766211.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057766211.1 |
| 4 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057766211.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057766211.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:22035803 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr5:22035824 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr5:22035924 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,B133,C15 |
Chr5:22036037 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B22,B42,B43 |
Chr5:22036369 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A7 |
Chr5:22036438 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A22,D6 |
Chr5:22036477 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A22,D6 |
Chr5:22036646 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr5:22036732 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr5:22036768 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:22036774 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,B133,C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766211.1PF00226
DnaJ 113-174 aa
PF09320
DUF1977 271-340 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766211.1 |
Pfam | PF00226 |
DnaJ | Domain | 113 | 174 | 2.3e-24 | 86.0 | DnaJ domain |
XP_057766211.1 |
Pfam | PF09320 |
DUF1977 | Family | 271 | 340 | 1.5e-07 | 32.2 | Domain of unknown function (DUF1977) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。