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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002151

染色体: Chr05 坐标: 22734618-22737271 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002151
名称SmilChr05G002151
描述26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 homolog
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向22734618 - 22737271 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986788
GeneID130986788
locus_tag-
NCBI NameLOC130986788
原始查询SmilChr05G002151

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 homolog
产物26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 homolog
ArabidopsisAT5G23540 (AT5G23540)
Mov34/MPN/PAD-1 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832420]
identity=94.8; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0371200
-
identity=94.5; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0008237 (metallopeptidase activity); GO:0008541 (proteasome regulatory particle, lid subcomplex); GO:0016579 (protein deubiquitination); GO:0043161 (proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0070628 (proteasome binding)
KEGGsmil03050 (Proteasome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01398 (JAB); PF14464 (Prok-JAB); PF23594 (RPN11_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986788

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766304.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057766304.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057766304.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057766304.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766304.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:22734781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:22734829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr5:22734835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B66,C85
Chr5:22736310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,C52,C59
Chr5:22736617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B66,C85
Chr5:22736914 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr5:22736926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766304.1
312 aa
N
1
156
312
JAB
Prok-JAB
RPN11_C
C
PF01398 JAB 30-141 aa PF14464 Prok-JAB 41-131 aa PF23594 RPN11_C 231-310 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766304.1 Pfam PF01398 JAB Domain 30 141 5.7e-35 120.4 JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease
XP_057766304.1 Pfam PF14464 Prok-JAB Family 41 131 1e-06 29.3 Prokaryotic homologs of the JAB domain
XP_057766304.1 Pfam PF23594 RPN11_C Domain 231 310 6.3e-35 119.8 26S proteasome regulatory subunit RPN11 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910321.1
ACCAAAAAAACCCTTTGAAGAAAAGACCCGCTGTCTTATTTCCATAGAAAAGTATTTTACTCCACCTCAAAACTATCTGCTTCAGCAAATATACTTGCAACAGAAAACCGAAGAATAACTTTTGAATTGAAATGGCAGGCATGGAGAGGCTTCACCGGATGTTCGCCGGCGCCGGCGGAGCCCTCGGACACCCGCCGCCGGACTCCCCAACGCTCGACTCCTCCGAACAAGTCTACATTTCGTCGCTCGCCCTTCTCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986788
ATGGCAGGCATGGAGAGGCTTCACCGGATGTTCGCCGGCGCCGGCGGAGCCCTCGGACACCCGCCGCCGGACTCCCCAACGCTCGACTCCTCCGAACAAGTCTACATTTCGTCGCTCGCCCTTCTCAAGATGCTCAAACACGGTAGAGCGGGGGTGCCGATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTGGGGGAGTTTGTGGACGAGTACACGGTGCGTGTAGTGGACGTCTTTGCGATGCCGCAGAGTGGAACCGGTGTCAGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766304.1
MAGMERLHRMFAGAGGALGHPPPDSPTLDSSEQVYISSLALLKMLKHGRAGVPMEVMGLMLGEFVDEYTVRVVDVFAMPQSGTGVSVEAVDHVFQTNMLDMLKQTGRPEMVVGWYHSHPGFGCWLSGVDINTQQSFEALNQRAVAVVVDPIQSVKGKVVIDAFRLINPQTMMLGQEPRQTTSNVGHLNKPSIQALIHGLNRHYYSIAINYRKNELEEKMLLNLHKKKWTDGLTLQRFDTHSKTNEQTVQEMLNLAIKYNK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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