当前解析结果
SmilChr05G002436| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002436 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002436 |
| 描述 | galactan beta-1,4-galactosyltransferase GALS3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 26832501 - 26834501 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026206 |
|---|---|
| GeneID | 131026206 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026206 |
| 原始查询 | SmilChr05G002436 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | galactan beta-1,4-galactosyltransferase GALS3-like |
| 产物 | galactan beta-1%2C4-galactosyltransferase GALS3-like |
| Arabidopsis | AT4G20170 (GALS3)glycosyltransferase family protein (DUF23) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827763] identity=57.5; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0328800- identity=54; qcov=0.827; evalue=2.99e-152; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01697 (Glyco_transf_92) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026206 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057811968.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057811968.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057811968.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811968.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811968.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:26832921 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,B75,C82,D1 |
Chr5:26833024 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr5:26833064 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B75,B9,C74,C82 |
Chr5:26833199 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C19,C34,C41 |
Chr5:26833493 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B23,B7,C60 |
Chr5:26833543 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr5:26833697 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr5:26833793 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr5:26833885 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B2 |
Chr5:26833903 |
CCG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B10 |
Chr5:26833903 |
CCG |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B10 |
Chr5:26834033 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B41,C14,C22,C53,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811968.1PF01697
Glyco_transf_92 222-440 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811968.1 |
Pfam | PF01697 |
Glyco_transf_92 | Domain | 222 | 440 | 5.7e-32 | 112.0 | Glycosyltransferase family 92 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。