Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002461`

染色体: Chr05 坐标: 27128200-27132674 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002461`
名称	SmilChr05G002461
描述	protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	27128200 - 27132674 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026235`
GeneID	`131026235`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026235`
原始查询	`SmilChr05G002461`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14
产物	protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14
Arabidopsis	`AT4G20130` (PTAC14) plastid transcriptionally active 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827759] identity=73.2; qcov=0.91; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0587200` (OsSET23) - identity=75.8; qcov=0.198; evalue=3.83e-47; confidence=weak
GO	GO:0000427 (plastid-encoded plastid RNA polymerase complex); GO:0005515 (protein binding); GO:0009534 (chloroplast thylakoid); GO:0009658 (chloroplast organization); GO:0010027 (thylakoid membrane organization); GO:0016279 (protein-lysine N-methyltransferase activity); GO:0018026 (peptidyl-lysine monomethylation); GO:0042793 (plastid transcription)
KEGG	-
Pfam	PF00856 (SET); PF09273 (Rubis-subs-bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026235

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057812006.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057812006.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.20000	`XP_057812006.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812006.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812006.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:27128885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr5:27129170`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B56,B96,C52,C84
`Chr5:27129219`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B21,B40,B75,B77
`Chr5:27130358`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C52,C84
`Chr5:27131497`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B39,B74,B77,B79,D7
`Chr5:27132041`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3
`Chr5:27132350`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:27132465`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B130,B136,B58,C33,C82
`Chr5:27132467`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812006.1

480 aa

240

480

SET

Rubis-subs-bind

PF00856 SET 97-320 aa PF09273 Rubis-subs-bind 407-461 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812006.1`	Pfam	`PF00856`	SET	Family	97	320	4.5e-10	40.6	SET domain
`XP_057812006.1`	Pfam	`PF09273`	Rubis-subs-bind	Domain	407	461	2.7e-07	32.0	Rubisco LSMT substrate-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956023.1
ATTGGCTTATGGTTTATCATAACATGCCTACCAAACATAGGTAAAGTGAGAAAAAAAAGAAGTAAAAAAGGATAAACCCAATGGAGGTTTTGCAGAACGCCCGACAACGGAAGCGGCTGTAGATGGATAACGTTTCGGTTTGCTGAAATTTCCGCCAAAACGGGTACACTGCAACACAAGCAATGGCTATGTCGCTCCTGCATTCACCACCGTACTGCCTCTTCACCCACCACCGCCGCCGCGGCCAGCAGGTAACTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026235
ATGGCTATGTCGCTCCTGCATTCACCACCGTACTGCCTCTTCACCCACCACCGCCGCCGCGGCCAGCAGGTAACTCCGCGAAGTGCTTCTGTGCTGCGTGCGGCTATGATTACTAATGAAGACACATCTTCTGCAATTTCCACGTCCGATTTCCCACTCTTCCAAACCACCCTCATTCCCCAACCTACTGCTGCTTCTCAGTTGGAGCCAGCGGATCCTGATTTCTATAAGATAGGATATGTTAGGAATATGCGAGCTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812006.1
MAMSLLHSPPYCLFTHHRRRGQQVTPRSASVLRAAMITNEDTSSAISTSDFPLFQTTLIPQPTAASQLEPADPDFYKIGYVRNMRAYGIEFREGPDGFGVYASKDIEPLRRARLIMEIPLELMLTISQKLPWMFFPDIIPVGHPIFDIINSTNPETDWDLRMACLLLYAFDCKDNFWQLYGDFLPATDECTSFLLATEEDLLELQDTELASTIRQQQQRALEFWDKNWHSAVPLKIKRLALEPERFLWAMSMAQSRCINK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器