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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002507

染色体: Chr05 坐标: 27811804-27815790 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002507
名称SmilChr05G002507
描述uncharacterized protein At4g19900
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向27811804 - 27815790 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026287
GeneID131026287
locus_tag-
NCBI NameLOC131026287
原始查询SmilChr05G002507

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha 1,4-glycosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827735]; symbol=AT4G19900; hit=AT4G19900; species=arabidopsis; confidence=high
产物alpha 1,4-glycosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827735]; symbol=AT4G19900; hit=AT4G19900; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G19900 (AT4G19900)
alpha 1,4-glycosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827735]
identity=54.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0567300 (OJ1092_A07.115)
-
identity=46.4; qcov=0.912; evalue=1.8e-168; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04488 (Gly_transf_sug); PF04572 (Gb3_synth)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026287

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057812083.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057812083.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812083.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812083.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812083.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:27811957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr5:27812391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr5:27812479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr5:27812716 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B110,B4
Chr5:27812863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C83,C9
Chr5:27813105 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B36
Chr5:27813433 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B37,C11,C42,C69
Chr5:27814119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr5:27814497 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 A11
Chr5:27814497 GTT G 2bp_deletion CDS_variant 1 A11
Chr5:27815476 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr5:27815507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B94,C8,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812083.1
622 aa
N
1
311
622
Gly_transf_sug
Gb3_synth
C
PF04488 Gly_transf_sug 365-472 aa PF04572 Gb3_synth 492-621 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812083.1 Pfam PF04488 Gly_transf_sug Family 365 472 1.2e-18 68.3 Glycosyltransferase sugar-binding region containing DXD motif
XP_057812083.1 Pfam PF04572 Gb3_synth Family 492 621 1.5e-21 77.6 Alpha 1,4-glycosyltransferase conserved region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956100.1
AAAATGAATGATAAAATAATCCGATCCTATTTGAAGTTCCCCAAATCCGTTGGCCTTTGACAGTTAAACATCACTCTCTCTCTCTCCCCACACGCCGTGCACCACCGAACCGCCGGCGCTGCCCACATCACATGCTCCGTCAACTCCGCACGCGGCGGCGCCCCCGCTACGGCGCTCACATCTGCGCCCTAATCGCGGCAGTGCTCCTCCTCCTCTCGGTGTCTCTCCTCTACAGCCGCCTATCATTCTTCAATTCGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026287
ATGCTCCGTCAACTCCGCACGCGGCGGCGCCCCCGCTACGGCGCTCACATCTGCGCCCTAATCGCGGCAGTGCTCCTCCTCCTCTCGGTGTCTCTCCTCTACAGCCGCCTATCATTCTTCAATTCGCAACCCCAGCACCCTCTCCTTCACTCACTCGACGACTCCTTCAACCCTCTACTCGATGATCTCGACTCCGAAGCCGTCACTACCACCAATCCCAACGAGGATCGCATTGACGAGCTCGACGACGCCGTTTTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812083.1
MLRQLRTRRRPRYGAHICALIAAVLLLLSVSLLYSRLSFFNSQPQHPLLHSLDDSFNPLLDDLDSEAVTTTNPNEDRIDELDDAVLDEGGSNNNEEVDEEDEDSTAQNQGSAGTSSYFFDHVNGVVRRSFNRRSIDEWEDYVPFNLKHRSDLGFDIDESKPVFGSDDVLVDDKLRTKLSQVRKIEDALLLKGSVLREGWGDWFEKKGDFLRRDRMFKSNIEILNPLNNPILQDPDGTGITGLTRGDRIFLKGLLNEFKRT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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