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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002905

染色体: Chr05 坐标: 34890879-34896237 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002905
名称SmilChr05G002905
描述kinesin-like protein KIN-14N
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向34890879 - 34896237 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986972
GeneID130986972
locus_tag-
NCBI NameLOC130986972
原始查询SmilChr05G002905

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-14N
产物kinesin-like protein KIN-14N
ArabidopsisAT4G21270 (ATK1)
kinesin 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827876]
identity=61.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0105700 (OsDLK)
-
identity=58; qcov=0.901; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF00225 (Kinesin); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986972

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057766506.1
2 Spindle Spindle 1.00000 XP_057766506.1
3 Midbody Midbody 1.00000 XP_057766506.1
4 Centrosome 中心体 0.80000 XP_057766506.1
5 Spindle pole Spindle pole 0.80000 XP_057766506.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:34891158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B140
Chr5:34891653 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 5 A14,A3,B137,B56,C17
Chr5:34891653 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 5 A14,A3,B137,B56,C17
Chr5:34891821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,C42,D8
Chr5:34892050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,C42,C85,D8
Chr5:34892280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B40,B91
Chr5:34892361 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,C42,D8
Chr5:34892969 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr5:34892983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr5:34893059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,B9,C5
Chr5:34893242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A3,B23,C71,C74
Chr5:34893441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,A23,C43,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766506.1
801 aa
N
1
400
801
Microtub_bd
Kinesin
C
PF16796 Microtub_bd 424-589 aa PF00225 Kinesin 448-778 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766506.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 424 589 8.2e-53 179.2 Microtubule binding
XP_057766506.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 448 778 7.6e-111 370.9 Kinesin motor domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910523.1
GTTCAATTTACAACGGATCTCTGTGGAAACTACCGCCAGACAAAATTTTGAAAAAATTTCAAAATCTGGCCCTCACTTTCTCGTTTGTACATACGCTCTTCCCAATCCGGATCTTTTCTCCTTCAACTTCTGCCGTCAAATTCCTCGGAGAGACAGAGAGAGAGAGCTGCGTATGGCTTCCAAGAACCAGAACAAGCCTCCTCCTGGTCTTTCACATGGTAAGTTCAGTGGCGATGAGGTTTTGGTGGATAAGAGACGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986972
ATGGCTTCCAAGAACCAGAACAAGCCTCCTCCTGGTCTTTCACATGGTAAGTTCAGTGGCGATGAGGTTTTGGTGGATAAGAGACGAAGGATTGGAGGTACTAAAATGTCATCCAGCAGTGTGGCCAGACCACAAACCCGGCAAGCATTTTCAGTAGTTAATGGGGGGCAGGATCCACCTCCAAACAGTAGGCCGCCAAGCAGCTCTGATTGTGGAGTTATTGAGTTCACGAAAGAGGATGTAGAGGCCTTGCTCAGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766506.1
MASKNQNKPPPGLSHGKFSGDEVLVDKRRRIGGTKMSSSSVARPQTRQAFSVVNGGQDPPPNSRPPSSSDCGVIEFTKEDVEALLSEKPGSKNKFNYNFKEKKEQMDDCIKRLKQCIRWFQQREGNHVTEQEKLKTLLELAEKKCSDVELLMKEKENVLNSIVIELRKDLDTLQEKHTKVELDKSEALDSLARERESKLAAEKVQASLLEELKRTQEDNASNIQKIQSLNDMYKRLQEYNTSLQHYNSRLQSELHETNET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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