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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002962

染色体: Chr05 坐标: 35811055-35819054 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002962
名称SmilChr05G002962
描述beta-glucuronosyltransferase GlcAT14A-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向35811055 - 35819054 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987019
GeneID130987019
locus_tag-
NCBI NameLOC130987019
原始查询SmilChr05G002962

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-glucuronosyltransferase GlcAT14A-like
产物beta-glucuronosyltransferase GlcAT14A-like
ArabidopsisAT4G27480 (AT4G27480)
Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828857]
identity=61.9; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0201100
-
identity=60.6; qcov=0.829; evalue=6.36e-145; confidence=high
GOGO:0015020 (glucuronosyltransferase activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF02485 (Branch)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987019

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057766562.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057766562.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766562.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766562.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766562.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:35811333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr5:35811382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:35811414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr5:35811477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:35811516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B69,B9,C5
Chr5:35811579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr5:35811594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr5:35812254 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B139,C35,C4
Chr5:35812455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B22,B49,B65,C6
Chr5:35812769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766562.1
416 aa
N
1
208
416
Branch
C
PF02485 Branch 78-337 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766562.1 Pfam PF02485 Branch Family 78 337 4.2e-72 243.4 Core-2/I-Branching enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910579.1
ATAATCTCAATAGTCAATATATATGATCATACCCAACCAATCAAGTCAAAATTGTTTAATAGTACCATCGAGATCTATTTAATCAATCTTATTTACTACGTCACAAAATCCAAACTTGGTATTAGATCACTGTAATTAATCTTCAAAAAGTAAACGAAAACCCAGCATTTATACTCGATATTATTCACCATATAGTATTTTTCTCTCCCACTCGTCTTATATGCTGCCGAGGCGGAATGCTCTAGGATCTCTAAAAATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987019
ATGAAAGGCATGGGATTCTTAAACGCAGAGAAGAAGAAATGGATGTTCCCTCTTTTCCTCACTTCATTAGTGGCCATCTTCGTTGCGGCCACCTTGCTCAACTTGAGGCTCGTCTCCTATATCAACACAGTCAATTCAATCCTAACACTTTTCCAACCTCGCACCATGGCCGATCCATTCACCTCTTGTTCTACGACCAATGCGACTCCTCCTCCTCCTCCCATGCCGAGATTCGCGTATCTCATCTCTGGATCCAAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766562.1
MKGMGFLNAEKKKWMFPLFLTSLVAIFVAATLLNLRLVSYINTVNSILTLFQPRTMADPFTSCSTTNATPPPPPMPRFAYLISGSKGDLYKLWRTLHALYHPMNYYVVHLDLESPAQERQELASLVRMHPVFQEVGNVYMHDKANMVTYRGPTMVANTLHACAILLRRYKDWDWFINLSASDYPLLTQDDLIHTFSTLKRDVNFLHHTSNLGWKKYLRAMPLYIDPGLYEKDKSDIFRVWPKRSLPTAFKQFEGSAWMIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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