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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003693`

染色体: Chr05 坐标: 50052357-50055013 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003693`
名称	SmilChr05G003693
描述	DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	50052357 - 50055013 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987216`
GeneID	`130987216`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987216`
原始查询	`SmilChr05G003693`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A-like
产物	DNA-directed RNA polymerases II%2C IV and V subunit 6A-like
Arabidopsis	`AT5G51940` (NRPB6A) RNA polymerase Rpb6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835269] identity=74.7; qcov=1.05; evalue=2.27e-63; confidence=high
Rice	`Os03g0586600` (OSJNBa0010D22.24) - identity=78.3; qcov=1; evalue=6.74e-64; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003899 (DNA-directed RNA polymerase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005665 (RNA polymerase II, core complex); GO:0005666 (RNA polymerase III complex); GO:0005736 (RNA polymerase I complex); GO:0006351 (DNA-templated transcription)
KEGG	smil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01192 (RNA_pol_Rpb6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987216

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766853.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057766853.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057766853.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057766853.1`
5	Nucleolar fibrillar center	Nucleolar fibrillar center	0.20000	`XP_057766853.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:50052812`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,C16
`Chr5:50052813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,B136,B41
`Chr5:50052933`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr5:50053062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr5:50054753`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	31	A11,A13,A14,B11,B113,B117,B132,B133,B15,B20,B3,B35,B42,B43,B55,B60,B69,B78,B85,B91,B93,B94,C35,C43,C46,C51,C67,C68,C71,C83,D4
`Chr5:50054783`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	15	A24,B105,B139,B37,B4,B45,B5,B76,B92,B98,C12,C36,C4,C44,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766853.1

143 aa

143

RNA_pol_Rpb6

PF01192 RNA_pol_Rpb6 60-111 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766853.1`	Pfam	`PF01192`	RNA_pol_Rpb6	Family	60	111	3.7e-13	50.0	RNA polymerase Rpb6

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910870.1
CAGTGTGTAAATGAGAAGTCAAATATGCAAATTTCAGCAAAAACAGCGCGGCGAGGGAAGAGGCAGAGAGCAAGCACTAGAGAGAAGAAAGGAAAACCCTCAGCGCCATGGCAGACGAAGATTATGATATGGATGGAGGGTACGAGGATGAGCCACCGGAGCCCGAGCTTGATGAAGGGGCAGAGATAGAGGAAGACAACAACGCGGCTGAGGAGATACCGGACGCCGTCGAAGGCGAGGGAGATGAGAAGCAGGAGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987216
ATGGCAGACGAAGATTATGATATGGATGGAGGGTACGAGGATGAGCCACCGGAGCCCGAGCTTGATGAAGGGGCAGAGATAGAGGAAGACAACAACGCGGCTGAGGAGATACCGGACGCCGTCGAAGGCGAGGGAGATGAGAAGCAGGAGCAGGAGGCTGTGGAACGCCCTCGGAAAACGTCCAAGTATATGACTAAGTATGAGCGGGCGAGAATTTTGGGCACACGGGCTCTGCAGATTAGCATGAATGCACCTGTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766853.1
MADEDYDMDGGYEDEPPEPELDEGAEIEEDNNAAEEIPDAVEGEGDEKQEQEAVERPRKTSKYMTKYERARILGTRALQISMNAPVMVELEGETDPLEIAMKELRERKIPFTIRRYLPDGSYEDWGVDELIVEDSWKRQVGGD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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