Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003817`

染色体: Chr05 坐标: 51456157-51462539 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003817`
名称	SmilChr05G003817
描述	premnaspirodiene oxygenase-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	51456157 - 51462539 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024882`
GeneID	`131024882`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024882`
原始查询	`SmilChr05G003817`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	premnaspirodiene oxygenase-like
产物	premnaspirodiene oxygenase-like
Arabidopsis	`AT3G26300` (CYP71B34) cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822234] identity=39.6; qcov=0.919; evalue=7.15e-130; confidence=medium
Rice	`Os03g0593600` (CYP71W1) - identity=41.2; qcov=0.923; evalue=1.18e-138; confidence=medium
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	smil00909 (Sesquiterpenoid and triterpenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024882

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057810418.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057810418.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810418.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810418.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810418.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:51456345`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr5:51456369`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C7,C82
`Chr5:51456412`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	26	A13,A15,A7,B107,B114,B115,B121,B123,B127,B139,B23,B32,B40,B49,B54,B67,B89,C10,C26,C36,C4,C48,C49,C63,C71,C87
`Chr5:51456420`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:51456430`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B56,C82
`Chr5:51456435`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B56,C82
`Chr5:51456444`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr5:51456477`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr5:51456519`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C48
`Chr5:51456519`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C48
`Chr5:51456601`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B136,B62,C1,C43
`Chr5:51456746`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	18	A15,A7,B107,B114,B115,B121,B123,B127,B23,B32,B40,B54,B89,C26,C36,C48,C49,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810418.1

557 aa

278

557

p450

PF00067 p450 78-532 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810418.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	78	532	7.2e-104	348.8	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954435.1
TCAATATGTTTTCTTTTATATAATTAATAAAATAACATTACAATATTAAAAGTTTAAAAAAAATTGAATTGTATTTGACCGACATTGAATTTCTCATGAAACCCACGTGTCTTAAAATTGTGTGGCGCCTGTGGCTTGACAAAGCACAAACGAACATAGTATATATCCTATTATTCCATTCCCAGAAAAAAAGGAAAAAGAAAAAAATGGTAGTTCTCTGCAATTTATCAGCTACTGATGCTGCTGTGATTGTGCCTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024882
ATGAAACCCACGTGTCTTAAAATTGTGTGGCGCCTGTGGCTTGACAAAGCACAAACGAACATAGTATATATCCTATTATTCCATTCCCAGAAAAAAAGGAAAAAGAAAAAAATGGTAGTTCTCTGCAATTTATCAGCTACTGATGCTGCTGTGATTGTGCCTGCAATCTTCTTCTTCATCTTCCTCATCAAGAAATGGAAGAAATCCAAAAACAGCATTGCGATGAAACTGCCACCCGGTCCCAAAGCACTTCCTATAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810418.1
MKPTCLKIVWRLWLDKAQTNIVYILLFHSQKKRKKKKMVVLCNLSATDAAVIVPAIFFFIFLIKKWKKSKNSIAMKLPPGPKALPIIGNLHQISSPPFRCFTDLAARYGPIMHLKLGEAPTVVVSSPEIAKEMLKDLDPSFANRPKGVALEIMWYGYLDIAFCPYGDYWRQMRKICINELLSPRMVRSYASIRRDEAARLVDSLRESSGRSVNLTEKVFTFSCSITCRAAFGGLCEDKEGLIKVMMETVKMAGGFEIEDI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器