Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003963`

染色体: Chr05 坐标: 53375928-53379156 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003963`
名称	SmilChr05G003963
描述	transcription factor TGA2-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	53375928 - 53379156 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025031`
GeneID	`131025031`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025031`
原始查询	`SmilChr05G003963`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor TGA2-like
产物	transcription factor TGA2-like
Arabidopsis	`AT1G68640` (PAN) bZIP transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843194] identity=53.6; qcov=0.833; evalue=7.38e-116; confidence=high
Rice	`Os01g0808100` (OsbZIP08) - identity=57.8; qcov=0.705; evalue=1.5e-114; confidence=high
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF14144 (DOG1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025031

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057810600.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057810600.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810600.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810600.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057810600.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:53377122`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr5:53378284`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C77,D11,D8
`Chr5:53378502`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:53378638`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C70,C76
`Chr5:53378673`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr5:53378676`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr5:53378869`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810600.1

432 aa

216

432

DOG1

PF14144 DOG1 232-305 aa

XP_057810601.1

430 aa

215

430

DOG1

PF14144 DOG1 230-303 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810600.1`	Pfam	`PF14144`	DOG1	Family	232	305	1.8e-26	92.8	Seed dormancy control
`XP_057810601.1`	Pfam	`PF14144`	DOG1	Family	230	303	1.9e-26	92.7	Seed dormancy control

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954617.1
CGCAGAAGTATCCCCCTCCAATCGCATCATGCATGATTTCGTTATCCTGTCTTGAATAGGAAAGGATTAATTGCTCTCGAGATTTCCTTGCTCTTTTCGCGTGAGATATACTACGCCCTTTCTTCCTTGGCTGTCTAAACCTAATAAATTATGTCCATGTTTCTTCTGTACAGTTAGGGTTAGATCTGTAGCTGCAGACACACACAGTGAAGGTAGGGAAAATGCACAGCTTTTTTAACTTTGATACGCAGTCGCCCTGC...

XM_057954618.1
CGCAGAAGTATCCCCCTCCAATCGCATCATGCATGATTTCGTTATCCTGTCTTGAATAGGAAAGGATTAATTGCTCTCGAGATTTCCTTGCTCTTTTCGCGTGAGATATACTACGCCCTTTCTTCCTTGGCTGTCTAAACCTAATAAATTATGTCCATGTTTCTTCTGTACAGTTAGGGTTAGATCTGTAGCTGCAGACACACACAGTGAAGGTAGGGAAAATGCACAGCTTTTTTAACTTTGATACGCAGTCGCCCTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131025031
ATGCACAGCTTTTTTAACTTTGATACGCAGTCGCCCTGCTACCTCAGAGATATTGATAAGAATGGAGTTGATTTTGCGGAGCTCTTACAGTCTGCTGAAAATGGAAACCATCGTGCAGATTCCGCTGACATAAGTAGAATATTCTCGATGTACAACGGAATGAAAGCGAGTAATGTTTCTGCGGTGTCAAGTAGTAGCTTGCAATTCGGTGGAGTTCCCAACAGTTTAGGATCAGCTGAAACGCAGTCGTCGGAGCTCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057810600.1
MHSFFNFDTQSPCYLRDIDKNGVDFAELLQSAENGNHRADSADISRIFSMYNGMKASNVSAVSSSSLQFGGVPNSLGSAETQSSELISGGGGAVGKRQFEKWGDSADHIHHSHKLQTSTDNELAGVHHQRLISEDPTDQSKFKGRFRDQKELVKLAQNREAARRSRMRKKAYIQQLESNQQRIIQLDQALERARQQAASRFCGEQRHSAVAGRGVFDADHARWLVEHERLTDDLRSSLSSGKGDNELHLLVDAVVSHYDD...

XP_057810601.1
MHSFFNFDTQSPCYLRDIDKNGVDFAELLQSAENGNHRADSADISRIFSMYNGMKASNVSAVSSSSLQFGGVPNSLGSAETQSSELISGGGGAVGKRQFEKWGDSADHIHHSHKLQTSTDNELAGVHHQRLISEDPTDQSKFKGRFRDQKELVKLAQNREAARRSRMRKKAYIQQLESNQQRIIQLDQALERARQQAASRFCGEQRHSAGRGVFDADHARWLVEHERLTDDLRSSLSSGKGDNELHLLVDAVVSHYDDLY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器