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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004318`

染色体: Chr05 坐标: 56841915-56842816 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004318`
名称	SmilChr05G004318
描述	photosystem II core complex proteins psbY, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	56841915 - 56842816 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025371`
GeneID	`131025371`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025371`
原始查询	`SmilChr05G004318`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	photosystem II core complex proteins psbY, chloroplastic
产物	photosystem II core complex proteins psbY%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G67740` (PSBY) photosystem II BY [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843099] identity=53; qcov=0.995; evalue=2.82e-44; confidence=medium
Rice	`Os08g0119800` (PsbY) - identity=64.6; qcov=0.621; evalue=9.28e-37; confidence=medium
GO	GO:0009523 (photosystem II); GO:0009534 (chloroplast thylakoid); GO:0015979 (photosynthesis); GO:0016020 (membrane); GO:0030145 (manganese ion binding); GO:0045454 (cell redox homeostasis)
KEGG	smil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF06298 (PsbY)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025371

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057811088.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057811088.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	1.00000	`XP_057811088.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811088.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811088.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:56842233`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B29,D11
`Chr5:56842239`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr5:56842278`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,B74,C13
`Chr5:56842321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:56842332`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B132,B29,D11
`Chr5:56842437`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B93,D11
`Chr5:56842530`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B96
`Chr5:56842547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B48,B77,D4
`Chr5:56842659`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr5:56842668`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811088.1

182 aa

182

PsbY

PF06298 PsbY 81-113 aa PF06298 PsbY 147-179 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811088.1`	Pfam	`PF06298`	PsbY	Family	81	113	2.7e-26	91.8	Photosystem II protein Y (PsbY)
`XP_057811088.1`	Pfam	`PF06298`	PsbY	Family	147	179	2.7e-26	91.8	Photosystem II protein Y (PsbY)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955105.1
AAAAAATTGTGAGAAGAAGTTTGTGATAAGAAAATCGAAGTGGGGCATCCAACATGAGGTCCATATCTCACCAATCACACCCTTTGGATAAGAAAACAATCCAAAACTCTCAACTCTCATTGGATCCCAAATATTTCCTCCCAACTTTCCTATAATTCCAATTCCAATTCCAAATTAAACTTTCTTGAATATTTCTTCATCACCATTCATTCACCACCAAAACACACACACACACACACACACACAAATGGCAGCCACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025371
ATGGCAGCCACAATGGCCACATCCATGGCTCTTCTCAGCCCCAAATGCTTCAACCCCACCACCACCAAAACCGCCGCCGCCGCCGCCCCCGCCGCCGCCAAGCCCACAAAGCCACTCTCCCTCCCAAAGGGCCTCACCACGCCCCTCACCGCGGCCTCCGCGGCGGGGGCCGTGTTCGCGGCCCTCTCGGCCGCGGACCCCGCGTTCGCCGCCCAGCAGCTGGCGGAGATCGCGGACGGCGACAACCGCGGCATCGCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811088.1
MAATMATSMALLSPKCFNPTTTKTAAAAAPAAAKPTKPLSLPKGLTTPLTAASAAGAVFAALSAADPAFAAQQLAEIADGDNRGIALLIPIIPAILWVLYNILQPALNQINKMRSSKGMIVGLAGGLAAAGLFQPQEAAAAAEAAADNRGQLLLFVVAPAIAWVLYNILQPALNQINRMRSE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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