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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004332

染色体: Chr05 坐标: 57014058-57017211 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004332
名称SmilChr05G004332
描述alkane hydroxylase MAH1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向57014058 - 57017211 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025382
GeneID131025382
locus_tag-
NCBI NameLOC131025382
原始查询SmilChr05G004332

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alkane hydroxylase MAH1-like
产物alkane hydroxylase MAH1-like
ArabidopsisAT2G23180 (CYP96A1)
cytochrome P450, family 96, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816850]
identity=43.6; qcov=1.01; evalue=2.19e-148; confidence=medium
RiceOs03g0140100 (MAH1)
-
identity=42.6; qcov=0.988; evalue=5.04e-138; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025382

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057811099.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057811099.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811099.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811099.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811099.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:57014081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B41,B74,C13,C57
Chr5:57014156 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B18,B2
Chr5:57014174 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A25
Chr5:57014178 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr5:57014180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr5:57014201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,D5
Chr5:57014253 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 7 A13,B106,B119,B55,B63,B83,C40
Chr5:57014288 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 3 A1,B117,B16
Chr5:57014288 G GT 1bp_insertion CDS_variant 3 A1,B117,B16
Chr5:57014321 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,D1
Chr5:57014345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr5:57014347 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 58 A16,A23,A3,A4,A7,A8,B104,B115,B123,B125,B127,B129,B133,B136,B137,B138,B14,B15,B26,B27,B36,B37,B45,B51,B52,B61,B64,B70,B75,B8,B81,B85,B87,B90,B92,B94,B95,C12,C18,C21,C26,C29,C30,C36,C40,C42,C43,C45,C50,C52,C53,C72,C80,C87,D2,D3,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811099.1
489 aa
N
1
244
489
p450
C
PF00067 p450 28-472 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811099.1 Pfam PF00067 p450 Domain 28 472 2.7e-47 162.3 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955116.1
ATGGCCATACATGCGTTTGTGTTGATGGTGGTAGCTCCAATAGTTCTTGTGTGGTACTTGGCAATTAGAAGAGGCAAGAAACCCTCGGAGCCGACGACGTGGCCGGTGCTGGGGATGCTGCCGGCGGTTCTCCTTAACCTCCGCCGCATTCACGACTTCGCCACGGAAATCTTGAGCGAATGCGGCGGCACGTTTCGGTTGGTGGGGCCGTACATCGACATGCTCGTCACGTGCGACCCGGCCAACATCCACCACGTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025382
ATGGCCATACATGCGTTTGTGTTGATGGTGGTAGCTCCAATAGTTCTTGTGTGGTACTTGGCAATTAGAAGAGGCAAGAAACCCTCGGAGCCGACGACGTGGCCGGTGCTGGGGATGCTGCCGGCGGTTCTCCTTAACCTCCGCCGCATTCACGACTTCGCCACGGAAATCTTGAGCGAATGCGGCGGCACGTTTCGGTTGGTGGGGCCGTACATCGACATGCTCGTCACGTGCGACCCGGCCAACATCCACCACGTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811099.1
MAIHAFVLMVVAPIVLVWYLAIRRGKKPSEPTTWPVLGMLPAVLLNLRRIHDFATEILSECGGTFRLVGPYIDMLVTCDPANIHHVLSRNFSNYPKGPEFRKIFDILGDGIFGADFELWEIHRKTTHALLAHADFEARLQGTVWHKVETGLFPVLDHFCGAGMELDLQDVLQRLAFDNICKLVLDYDPCSLRPGLPSLPCEKAFSAVAEPLLHRYVFPEWMWRLLKWLNVGGERTITEAAAAFDDFIYPRLTSDVNVLKA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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