当前解析结果
SmilChr06G000068| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000068 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000068 |
| 描述 | heptahelical transmembrane protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 533505 - 537233 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987609 |
|---|---|
| GeneID | 130987609 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987609 |
| 原始查询 | SmilChr06G000068 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heptahelical transmembrane protein 2-like |
| 产物 | heptahelical transmembrane protein 2-like |
| Arabidopsis | AT4G30850 (HHP2)heptahelical transmembrane protein2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829209] identity=58.8; qcov=1.02; evalue=6.22e-138; confidence=high |
| Rice | Os03g0232900 (ADIPOR3)- identity=39.9; qcov=1.1; evalue=5.12e-87; confidence=medium |
| GO | GO:0009725 (response to hormone); GO:0016020 (membrane); GO:0038023 (signaling receptor activity) |
| KEGG | smil04081 (Hormone signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF03006 (HlyIII) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987609 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057767183.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057767183.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057767183.1 |
| 4 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057767183.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767183.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:533819 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B102,B115,B44,C13 |
Chr6:533872 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B87 |
Chr6:533872 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B87 |
Chr6:534171 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:534201 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,C86 |
Chr6:534217 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B85,C13,C55 |
Chr6:534381 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:536570 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr6:536602 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B112,B118,C16,C61,C78 |
Chr6:536698 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,C79 |
Chr6:536737 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr6:536845 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,C86 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767183.1PF03006
HlyIII 61-332 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767183.1 |
Pfam | PF03006 |
HlyIII | Family | 61 | 332 | 3.1e-62 | 210.9 | Haemolysin-III related |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。