Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000098`

染色体: Chr06 坐标: 704306-707569 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000098`
名称	SmilChr06G000098
描述	cytochrome P450 71A6-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	704306 - 707569 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987643`
GeneID	`130987643`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987643`
原始查询	`SmilChr06G000098`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome P450 71A6-like
产物	cytochrome P450 71A6-like
Arabidopsis	`AT3G48280` (CYP71A25) cytochrome P450, family 71, subfamily A, polypeptide 25 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823986] identity=49.7; qcov=0.988; evalue=2.84e-176; confidence=high
Rice	`Os08g0105400` - identity=42.9; qcov=1.01; evalue=5.16e-130; confidence=medium
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987643

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057767223.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057767223.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767223.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767223.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767223.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:704566`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B95
`Chr6:704566`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B95
`Chr6:704640`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B54,B6,C32
`Chr6:704674`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	87	A20,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A9,B101,B102,B103,B105,B107,B110,B111,B114,B117,B120,B121,B128,B129,B13,B130,B137,B138,B17,B20,B21,B22,B23,B24,B37,B4,B5,B50,B52,B53,B54,B57,B6,B60,B63,B64,B66,B71,B77,B80,B87,B89,B9,B92,B96,B99,C12,C17,C19,C25,C27,C3,C32,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C43,C45,C46,C50,C53,C55,C56,C61,C63,C69,C71,C75,C79,C80,C84,C86,C87,D5,D6,D9
`Chr6:704675`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	88	A20,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A9,B101,B102,B103,B105,B107,B110,B111,B114,B117,B120,B121,B126,B128,B129,B13,B130,B137,B138,B17,B20,B21,B22,B23,B24,B37,B4,B5,B50,B52,B53,B54,B57,B6,B60,B63,B66,B71,B77,B80,B87,B89,B9,B92,B96,B99,C12,C17,C19,C25,C27,C28,C3,C32,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C43,C45,C46,C50,C53,C55,C56,C61,C63,C69,C71,C75,C79,C80,C84,C86,C87,D5,D6,D9
`Chr6:704686`	`ACG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	80	A20,A22,A24,A3,A4,A9,B101,B103,B105,B107,B110,B111,B113,B114,B117,B120,B121,B126,B128,B129,B13,B130,B137,B138,B17,B22,B23,B24,B32,B37,B4,B40,B41,B5,B50,B52,B53,B54,B57,B60,B63,B64,B66,B77,B80,B87,B9,B92,B96,B99,C12,C19,C25,C27,C28,C3,C32,C37,C38,C41,C42,C43,C45,C46,C50,C53,C55,C56,C61,C63,C69,C70,C75,C79,C80,C81,C86,D5,D6,D9
`Chr6:704690`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	83	A20,A22,A24,A3,A4,A9,B101,B103,B105,B107,B110,B111,B113,B114,B117,B120,B121,B126,B128,B129,B13,B130,B132,B137,B138,B17,B22,B23,B24,B29,B32,B37,B4,B41,B42,B5,B50,B52,B53,B54,B57,B60,B63,B64,B66,B77,B80,B87,B9,B96,B99,C12,C19,C25,C27,C28,C3,C32,C35,C37,C38,C41,C43,C45,C46,C50,C53,C54,C55,C56,C61,C63,C69,C70,C75,C79,C80,C81,C86,D4,D5,D6,D9
`Chr6:704700`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:704735`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B126
`Chr6:704807`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	102	A2,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A7,A9,B1,B101,B102,B103,B107,B11,B110,B111,B113,B117,B121,B127,B128,B13,B130,B131,B132,B135,B17,B20,B21,B22,B23,B33,B37,B40,B42,B43,B45,B48,B5,B50,B52,B54,B57,B60,B63,B64,B67,B71,B72,B77,B80,B82,B83,B87,B89,B9,B92,B93,B96,B99,C1,C12,C15,C16,C17,C19,C2,C26,C27,C28,C3,C31,C32,C35,C36,C41,C42,C44,C45,C46,C5,C50,C55,C56,C6,C61,C63,C68,C69,C70,C71,C75,C78,C79,C81,C82,C86,D10,D3,D6,D9
`Chr6:704809`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	101	A2,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A7,A9,B1,B101,B102,B103,B107,B11,B110,B111,B113,B117,B121,B127,B128,B13,B130,B131,B132,B135,B17,B20,B21,B22,B23,B33,B37,B40,B42,B43,B45,B48,B5,B50,B52,B54,B57,B60,B63,B64,B67,B71,B72,B77,B80,B82,B83,B87,B89,B9,B92,B93,B96,B99,C1,C12,C15,C17,C19,C2,C26,C27,C28,C3,C31,C32,C35,C36,C41,C42,C44,C45,C46,C5,C50,C55,C56,C6,C61,C63,C68,C69,C70,C71,C75,C78,C79,C81,C82,C86,D10,D3,D6,D9
`Chr6:704820`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767223.1

497 aa

248

497

p450

PF00067 p450 36-477 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767223.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	36	477	1.8e-107	360.7	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911240.1
AGACAACGTCCCATTAATGAAACGTTACCATCCATGTCAATATCATTTAGTCATCACTAACATATCGCCACAATAACTAATGAAAATAACAAAATTTGTCATTGTTGTATTTTTTTTATAACGATAAAAATTGGTACTATAATACAGACTTTTGTGGCGACAAAAATTTTGTTGTCATTCATATTGTCATCACAAGAATCTACTTTTCTTATAGTGTGGATACGTGGCTGCAGGCTGCCGTTGCCATTGCCACGTTATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987643
ATGCCTTCCACCGCACATTTCTTGATTGTGCCACTCTGCACAGCTCTCTTCTTCTTCTTCCTCCACAAATGGCGCCGCCGCCGCCGCCTCGCCCCGACACGGCCGCCTCCGTCCCCGCCGAGGCTCCCGGTCGTGGGAAACCTCCACCAGCTGGGCTCGCTCCCTCACCGATCCCTCCAGCAGCTCTCCCGCCGCCACGGCCCGCTCATGCTCCTCCACTTCGGCAGCGTGCCCGTCGCCGTGGCCTCGTCGGCCTCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767223.1
MPSTAHFLIVPLCTALFFFFLHKWRRRRRLAPTRPPPSPPRLPVVGNLHQLGSLPHRSLQQLSRRHGPLMLLHFGSVPVAVASSASAAREIMKDQDLIFSNRPALSIPGRLLYGNRDVAFAPYGEYWRQMRSVCVLHLLSGKRIQSYRRVREEETSLMVARIAQLSPSTVDLTDMLASLACDVICRAALGRKYGAASKFKAAFEEFVRLLGAAPLWEYIPWLRWTRRFDGVDAMVARVAAAFDEFLESVIREHRVGERRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器