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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000123

染色体: Chr06 坐标: 867478-872453 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000123
名称SmilChr06G000123
描述probable receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g57670
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向867478 - 872453 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987668
GeneID130987668
locus_tag-
NCBI NameLOC130987668
原始查询SmilChr06G000123

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g57670
产物probable receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g57670
ArabidopsisAT5G57670 (AT5G57670)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835873]
identity=49.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0249100 (OsRLCK249)
-
identity=45.8; qcov=1.01; evalue=4.03e-180; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00582 (Usp); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987668

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057767258.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767258.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767258.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767258.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767258.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:867798 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr6:868047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B55,B74,C36,D2
Chr6:868059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B13
Chr6:868215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr6:868225 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B105
Chr6:868228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B84,C13
Chr6:868282 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,D10
Chr6:868285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:868287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr6:868579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B132,B57,B62
Chr6:868602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr6:868641 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767258.1
580 aa
N
1
290
580
Usp
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00582 Usp 11-123 aa PF00069 Pkinase 270-480 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 272-480 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767258.1 Pfam PF00582 Usp Domain 11 123 2.6e-06 28.8 Universal stress protein family
XP_057767258.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 270 480 9.2e-41 140.7 Protein kinase domain
XP_057767258.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 272 480 5.8e-40 137.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911275.1
AAGCACCCAAACCAAACCAATTATTTGCATCTCAAAATCCACATTTCCACTATTAAAAAATTTAAAACTAGCTCCCCCTTTTTTTTATTGCTTGTCACATAAGAATATTCGAGAGCTTGGTGGTCTCACTCCCTTTTGTCATCTATACATATATTTCCAAAATTGTGTCGCATCGATAGCATCCAAATTTCTATCAACCAAGCAACCCAAATTAAAATATCTTTCTGTCTCATTCTATAACATACCAATTTTAAAAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987668
ATGATGAATAATATCTCTTCATCCCCTTGTAAAATTCTTGTAGGCATCCCTCTTGATGCCAATGTGAGTGTGGAGCTCCTTGCTTGGGCTATTAGGGTTCTTGCTCGCCCCGGTGATTCTCTCACTGCATTGCACATCATAGGGGCCATGGCCGACAAGAGCAAGAGACAGTCAGAAAGGAAACATCAAAAGCAGTTCCGTCAGGCGAAGTCCTTCGTCGTAAACGTTATGGGAGAACTTTTTAAGACTTGTCAGTCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767258.1
MMNNISSSPCKILVGIPLDANVSVELLAWAIRVLARPGDSLTALHIIGAMADKSKRQSERKHQKQFRQAKSFVVNVMGELFKTCQSNEVNMEGRVGASSTPGRGLIEEAKNMGADYLIIGGQANRSNRTPSSAISHYCCKNVPEGCSFVMLRPTQHPCANISDLEHESSSSWSEKNLSTENSFSSDENEIMGKSKRASPRTVLDICEEDSNSEESCSTITSSSTRRPTSPFRLISSLFRPKTSKKNHKEKHQPMLRCFTY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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