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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000149

染色体: Chr06 坐标: 1047058-1048865 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000149
名称SmilChr06G000149
描述uncharacterized SmilChr06G000149
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1047058 - 1048865 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987693
GeneID130987693
locus_tag-
NCBI NameLOC130987693
原始查询SmilChr06G000149

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Tautomerase/MIF superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835823]; symbol=AT5G57170; hit=AT5G57170; species=arabidopsis; confidence=high
产物Tautomerase/MIF superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835823]; symbol=AT5G57170; hit=AT5G57170; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G57170 (AT5G57170)
Tautomerase/MIF superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835823]
identity=82.6; qcov=1; evalue=2.9e-67; confidence=high
RiceOs06g0699500
-
identity=69.6; qcov=1; evalue=3.69e-55; confidence=high
GOGO:0005615 (GO:0005615); GO:0050178 (phenylpyruvate tautomerase activity)
KEGGsmil00350 (Tyrosine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00360 (Phenylalanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01187 (MIF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987693

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057767295.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057767295.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767295.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767295.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767295.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1047386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr6:1047403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B25,B95
Chr6:1048399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B105,C39,C43
Chr6:1048419 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:1048461 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B82,B87,D9
Chr6:1048474 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr6:1048516 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767295.1
115 aa
N
1
58
115
MIF
C
PF01187 MIF 1-115 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767295.1 Pfam PF01187 MIF Domain 1 115 1e-27 97.5 Macrophage migration inhibitory factor (MIF)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911312.1
AAAGCTTCAAAGATAATTAGAATAAAATTCGAGAATTTCAATAATAAACAGAAATTAACGCATGATGGACATACTACATGATATAATAAAGATTTATTCTGCTTATGTGTGAAAAATAAATAAAATAAAAATTATTCATATCATTTTGTTTTTTCCAAAGTAGTTTAGAACCACTCATCCCACTCCAATCGAAGCTCGAGAGATAAATTTCAAGTTCAGTTTATCAAAGTTTGGGAAGCGAAGTAGAGAAATGCCGACGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987693
ATGCCGACGTTGAATTTGTTCACAAATGTTCCAGTTGATGGCGTCGTTGCTTCTGATATTCTCAAAGATGCCACTAAAGCTGTTGCCAAAATCATCGGCAAACCCGAATCTTACGTGATGGTGGTGGTGAATGGAGGCGTGCCGATTTCGTTTGGTGGGACGGAGGAGCCGGCGGCCTACGGCGAATTGATCTCCATTGGGGGGCTTGGGCCCAGTGTGAATGGTAAACTCAGTTCAACCATAGCAGAGATTCTGCAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767295.1
MPTLNLFTNVPVDGVVASDILKDATKAVAKIIGKPESYVMVVVNGGVPISFGGTEEPAAYGELISIGGLGPSVNGKLSSTIAEILQTKLSIDSARFYVKFYDVERSFFGFNGSTF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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