Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000266`

染色体: Chr06 坐标: 1799954-1807682 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000266`
名称	SmilChr06G000266
描述	4-coumarate--CoA ligase-like 9
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	1799954 - 1807682 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987796`
GeneID	`130987796`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987796`
原始查询	`SmilChr06G000266`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	4-coumarate--CoA ligase-like 9
产物	4-coumarate--CoA ligase-like 9
Arabidopsis	`AT5G63380` (AT5G63380) AMP-dependent synthetase and ligase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836457] identity=55.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0901600` (OsACS6) - identity=53.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016405 (CoA-ligase activity)
KEGG	smil00130 (Ubiquinone and other terpenoid-quinone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00501 (AMP-binding); PF13193 (AMP-binding_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987796

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057767458.1`
2	Peroxisome	过氧化物酶体	0.40000	`XP_057767458.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057767458.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057767458.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767458.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:1800251`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C63
`Chr6:1800271`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	9	B1,B101,B107,B23,B63,B83,B98,C81,C9
`Chr6:1800278`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C65
`Chr6:1800287`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,B14
`Chr6:1800307`	`CTA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	115	A11,A14,A18,A19,A2,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B103,B106,B109,B11,B112,B115,B118,B12,B122,B124,B126,B128,B130,B132,B138,B139,B15,B18,B2,B20,B25,B28,B30,B31,B32,B34,B35,B36,B4,B41,B44,B45,B46,B47,B50,B52,B55,B57,B60,B62,B64,B67,B69,B71,B78,B8,B81,B82,B84,B85,B88,B89,B90,B93,B99,C1,C13,C15,C17,C19,C20,C21,C22,C24,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C38,C40,C41,C42,C44,C45,C5,C52,C53,C56,C57,C58,C62,C65,C68,C7,C73,C76,C77,C78,C79,C83,C85,C9,D1,D2,D8,D9
`Chr6:1800312`	`C`	`CGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	114	A11,A14,A18,A19,A2,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B103,B106,B109,B11,B112,B115,B118,B12,B122,B124,B126,B128,B130,B132,B139,B15,B18,B2,B20,B25,B28,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B4,B41,B44,B45,B46,B47,B50,B52,B55,B57,B60,B62,B64,B67,B71,B78,B8,B81,B82,B84,B85,B88,B89,B90,B93,B99,C1,C13,C15,C17,C19,C20,C21,C22,C24,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C38,C40,C41,C42,C44,C45,C5,C52,C53,C56,C57,C58,C62,C65,C68,C7,C73,C76,C77,C78,C79,C83,C85,C9,D1,D2,D8,D9
`Chr6:1800424`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B137,B140
`Chr6:1800426`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	142	A10,A14,A18,A19,A2,A20,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B10,B103,B106,B109,B11,B112,B113,B115,B118,B119,B12,B121,B122,B124,B126,B127,B128,B130,B132,B133,B134,B138,B14,B15,B18,B2,B20,B23,B25,B28,B29,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B4,B44,B45,B46,B47,B48,B50,B52,B53,B54,B55,B57,B60,B62,B64,B65,B67,B71,B72,B74,B78,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B88,B89,B90,B92,B93,B97,B99,C1,C12,C13,C14,C15,C17,C19,C21,C22,C23,C24,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C38,C4,C40,C41,C42,C44,C45,C48,C5,C52,C53,C56,C57,C58,C61,C62,C64,C65,C68,C7,C70,C73,C76,C77,C78,C79,C81,C83,C84,C85,C9,D2,D8,D9
`Chr6:1800505`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr6:1800509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:1802304`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr6:1802751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B58,B65,C27,C53,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767458.1

554 aa

277

554

AMP-binding

AMP-binding_C

PF00501 AMP-binding 53-409 aa PF13193 AMP-binding_C 461-536 aa

XP_057767459.1

551 aa

276

551

AMP-binding

AMP-binding_C

PF00501 AMP-binding 53-408 aa PF13193 AMP-binding_C 458-533 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767458.1`	Pfam	`PF00501`	AMP-binding	Family	53	409	5.6e-75	253.3	AMP-binding enzyme
`XP_057767458.1`	Pfam	`PF13193`	AMP-binding_C	Domain	461	536	2.8e-16	60.9	AMP-binding enzyme C-terminal domain
`XP_057767459.1`	Pfam	`PF00501`	AMP-binding	Family	53	408	1.8e-73	248.3	AMP-binding enzyme
`XP_057767459.1`	Pfam	`PF13193`	AMP-binding_C	Domain	458	533	2.7e-16	60.9	AMP-binding enzyme C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911475.1
AACTCGTGACAATAATATAGGATACATTATAATATATGAATCGCGACAATAAATACTGTGGCAACACTGTCATCATCTGAAAGGTCATTCCATGGCGGAAACAAGCTCCATCAATCCCCAAAATGGCTTCTGCCCGCAAACCAAAACATACCACAGCCTCCGCCCCGCCGTCCCTCTCCCGCCGCCGTCGCAGCACCTCTCCATCTCCCAATACGCCCTCTCCCTCCTCCACTCAACCGCCACCTCCACCACCCCCTTCC...

XM_057911476.1
TGAATCGCGACAATAAATACTGTGGCAACACTGTCATCATCTGAAAGGTCATTCCATGGCGGAAACAAGCTCCATCAATCCCCAAAATGGCTTCTGCCCGCAAACCAAAACATACCACAGCCTCCGCCCCGCCGTCCCTCTCCCGCCGCCGTCGCAGCACCTCTCCATCTCCCAATACGCCCTCTCCCTCCTCCACTCAACCGCCACCTCCACCACCCCCTTCCTCATCGACGCCGCCACCTCCCGCCACCTCACCTACC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130987796
ATGGCGGAAACAAGCTCCATCAATCCCCAAAATGGCTTCTGCCCGCAAACCAAAACATACCACAGCCTCCGCCCCGCCGTCCCTCTCCCGCCGCCGTCGCAGCACCTCTCCATCTCCCAATACGCCCTCTCCCTCCTCCACTCAACCGCCACCTCCACCACCCCCTTCCTCATCGACGCCGCCACCTCCCGCCACCTCACCTACCCCGCCTTCCTCCGCCAAGTCGCCTCCCTCTCCGCCTCCCTCAAACCCCTCCTCTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057767458.1
MAETSSINPQNGFCPQTKTYHSLRPAVPLPPPSQHLSISQYALSLLHSTATSTTPFLIDAATSRHLTYPAFLRQVASLSASLKPLLSENDVAFILSPPSLHVPVLYFSLLSLGVAVSPSNPLSSPADLAHQIRLSRPAVAFATSETSTKLPRIDTPVIILDSPRFLSMLECGGDAAPSSSAAVDQSSAAAILYSSGTTGRVKGVLLTHRNLIALVAGLYHNKLAEDEKLGEGEEENGGGAAVSILTVPLFHVYGFFMLIR...

XP_057767459.1
MAETSSINPQNGFCPQTKTYHSLRPAVPLPPPSQHLSISQYALSLLHSTATSTTPFLIDAATSRHLTYPAFLRQVASLSASLKPLLSENDVAFILSPPSLHVPVLYFSLLSLGVAVSPSNPLSSPADLAHQIRLSRPAVAFATSETSTKLPRIDTPVIILDSPRFLSMLECGGDAAPSSSAAVDQSSAAAILYSSGTTGRVKGVLLTHRNLIALVAGLYHNKLAEDEKLGEGEEENGGGAAVSILTVPLFHVYGFFMLIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器