Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000694`

染色体: Chr06 坐标: 6139152-6143833 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000694`
名称	SmilChr06G000694
描述	serine/threonine-protein kinase rio2-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	6139152 - 6143833 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988241`
GeneID	`130988241`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988241`
原始查询	`SmilChr06G000694`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/threonine-protein kinase rio2-like
产物	serine/threonine-protein kinase rio2-like
Arabidopsis	`AT3G51270` (AT3G51270) protein serine/threonine kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824290] identity=70.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0888700` - identity=66.9; qcov=1.07; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0030490 (maturation of SSU-rRNA); GO:0030688 (preribosome, small subunit precursor)
KEGG	smil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01163 (RIO1); PF03109 (ABC1); PF09202 (Rio2_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988241

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057768017.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057768017.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768017.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768017.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768017.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:6139302`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,D10
`Chr6:6139990`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B101,B71,C62
`Chr6:6140203`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr6:6141572`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	9	A15,A5,B126,B138,B18,B45,B5,C45,C53
`Chr6:6141633`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr6:6142738`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	A14,B120,B137,C4
`Chr6:6142738`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	A14,B120,B137,C4
`Chr6:6143158`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr6:6143173`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768017.1

462 aa

231

462

Rio2_N

RIO1

ABC1

PF09202 Rio2_N 8-89 aa PF01163 RIO1 106-283 aa PF03109 ABC1 170-260 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768017.1`	Pfam	`PF09202`	Rio2_N	Domain	8	89	7.9e-35	119.7	Rio2, N-terminal
`XP_057768017.1`	Pfam	`PF01163`	RIO1	Domain	106	283	1e-55	189.0	RIO domain
`XP_057768017.1`	Pfam	`PF03109`	ABC1	Domain	170	260	3.5e-07	30.3	ABC1 atypical kinase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009090027.1
AAGAACCCAGCCATGAGCTCCGCCGCGCTAAACCGGCGGTTGAGATAAAAATCTCTGCAGCCTTCAATTTCTCATCATTCATCGTGATTTTGAAGATTAATTCGTCGATTCTCTGCGTAGCTGAGTGCAGGAAACAATGAAGTTAGATGTGAATGCTCTGAGGTATCTGTCGAAGGATGACTTCAGGGTTCTTACCGCCGTCGAGATGGGAATGCGCAATCATGAAATTGTACCGGCGGAGTTGATCGGCAGAATCGCAT...

XR_009090026.1
AGAACCCAGCCATGAGCTCCGCCGCGCTAAACCGGCGGTTGAGATAAAAATCTCTGCAGCCTTCAATTTCTCATCATTCATCGTGATTTTGAAGATTAATTCGTCGATTCTCTGCGTAGCTGAGTGCAGGAAACAATGAAGTTAGATGTGAATGCTCTGAGGTATCTGTCGAAGGATGACTTCAGGGTTCTTACCGCCGTCGAGATGGGAATGCGCAATCATGAAATTGTACCGGCGGAGTTGATCGGCAGAATCGCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988241
ATGAAGTTAGATGTGAATGCTCTGAGGTATCTGTCGAAGGATGACTTCAGGGTTCTTACCGCCGTCGAGATGGGAATGCGCAATCATGAAATTGTACCGGCGGAGTTGATCGGCAGAATCGCATCATTGAAGCATGGCGGCACGTATAAAGTATTGAAGAATTTGCTCAAGCACAAGCTGGTGCATCATGACTCTTCCAAGTATGATGGTTTCCGGCTAACATACTTGGGCTACGACTTTCTTGCGATCAAGACATTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768017.1
MKLDVNALRYLSKDDFRVLTAVEMGMRNHEIVPAELIGRIASLKHGGTYKVLKNLLKHKLVHHDSSKYDGFRLTYLGYDFLAIKTLVNRGVFASVGRQIGVGKESDIFEVATEDGTVLAMKLHRLGRVSFRAVKSKRDYLRHRRSFNWLYLSRLAALKEFAFMKALEEHGFPVPNAVDCNRHCVIMSLVQGYPLVQVKELPNPDTIFETIIGLVVRLAEHGLIHCDFNEFNIMIDDDEKVTMIDFPQMVSVSHRNAQMYF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器