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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001222

染色体: Chr06 坐标: 12598722-12602268 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001222
名称SmilChr06G001222
描述phosphate transporter PHO1 homolog 9-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向12598722 - 12602268 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988738
GeneID130988738
locus_tag-
NCBI NameLOC130988738
原始查询SmilChr06G001222

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphate transporter PHO1 homolog 9-like
产物phosphate transporter PHO1 homolog 9-like
ArabidopsisAT3G29060 (AT3G29060)
EXS (ERD1/XPR1/SYG1) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822550]
identity=49.2; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0110100 (Pho1)
-
identity=31.9; qcov=1.1; evalue=3.39e-131; confidence=low
GOGO:0000822 (inositol hexakisphosphate binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006817 (phosphate ion transport); GO:0015114 (GO:0015114); GO:0016036 (cellular response to phosphate starvation)
KEGG-
PfamPF03105 (SPX); PF03124 (EXS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988738

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057768662.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057768662.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057768662.1
4 Endosome 内体 0.20000 XP_057768662.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768662.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:12599994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr6:12600178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C14
Chr6:12600413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr6:12600451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:12600686 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C30,C75
Chr6:12600758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B78,C13,C14,C85
Chr6:12600905 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,B90,B92
Chr6:12601171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B65
Chr6:12601370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr6:12601386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr6:12601467 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr6:12601656 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B33,C82,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768662.1
732 aa
N
1
366
732
SPX
EXS
C
PF03105 SPX 1-272 aa PF03124 EXS 363-704 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768662.1 Pfam PF03105 SPX Domain 1 272 1.7e-54 186.9 SPX domain
XP_057768662.1 Pfam PF03124 EXS Family 363 704 1.3e-96 324.5 EXS family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912679.1
TGTCACCGTAATGCACAAGTGGTCCCTAATCCTTTCTGGATATGGAGATTATACCCTCCAAAATTTCACTACACAATTATTGGGTAGCAGCAGCCACATTTGAATCCCAGTCTTATTCTAGCTACTCGTTGTTGCCACATTTAAAGCACCAAAAGAATGAAGTAGAGAAAGAGGGAAAACACATTCTTGAGAGTGAAAGATGAAGTTCGGAAAGGAGTTCTCTTCGCAGATGGTGCAAGAATGGCAGGGAGCATACATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988738
ATGAAGTTCGGAAAGGAGTTCTCTTCGCAGATGGTGCAAGAATGGCAGGGAGCATACATGGACTACACCCACCTCAAGAAACACCTCAAAACCATCCTCAAATTCCGGCAGCAGCAGCAGCAGAATGGCTTCACTCGGCGGAGGTCGGCCTTGCACAGGGCCTTCAGCGGCCTAACCGGGTGGAGCTCGCCCAGGACCAGAGAGGAAGAGTCTGTGATGATCCCACACACCACCCATTACCAGGCCTTGCTCACCAGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768662.1
MKFGKEFSSQMVQEWQGAYMDYTHLKKHLKTILKFRQQQQQNGFTRRRSALHRAFSGLTGWSSPRTREEESVMIPHTTHYQALLTRLSEEGAEHELHFFKKLDLEFDKVRAFHEGKLQGVKDAAAQLTQQMDALIALRIRVQKPHLTPPAVSARTSLAADMDVIQQVGEISEQKESLRPAPLQLLEHVKINVDPDTPVSTLKNVVMSSKLELSFSKDELRRAEKKMRKAFVEFHQQLRLLKSYSFLNMLAFSKIMKKYDK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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