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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001327`

染色体: Chr06 坐标: 13781348-13786358 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001327`
名称	SmilChr06G001327
描述	carbon catabolite repressor protein 4 homolog 1-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	13781348 - 13786358 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988763`
GeneID	`130988763`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988763`
原始查询	`SmilChr06G001327`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	carbon catabolite repressor protein 4 homolog 1-like
产物	carbon catabolite repressor protein 4 homolog 1-like
Arabidopsis	`AT3G58580` (AT3G58580) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825027] identity=72.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0166800` (OsCCR4b) - identity=74.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000289 (nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening); GO:0004535 (poly(A)-specific ribonuclease activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0030014 (CCR4-NOT complex)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03372 (Exo_endo_phos)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988763

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057768702.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057768702.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057768702.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768702.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768702.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:13782869`	`T`	`TAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	77	A1,A21,A22,A24,A25,A4,A5,A7,A8,B107,B11,B112,B115,B117,B126,B129,B130,B132,B14,B15,B19,B2,B21,B23,B25,B26,B30,B31,B32,B34,B38,B42,B45,B46,B47,B49,B5,B51,B53,B57,B63,B68,B71,B81,B89,B9,B90,C1,C13,C16,C19,C24,C27,C31,C33,C37,C38,C42,C45,C46,C50,C52,C54,C59,C6,C61,C62,C63,C64,C65,C69,C78,C79,C86,C87,D2,D9
`Chr6:13782875`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	74	A1,A21,A22,A25,A4,A5,A7,A8,B107,B11,B112,B115,B117,B126,B129,B130,B132,B14,B15,B19,B2,B21,B23,B25,B26,B30,B31,B32,B34,B38,B42,B45,B46,B49,B5,B51,B53,B57,B63,B68,B71,B81,B9,B90,C1,C13,C16,C19,C24,C27,C31,C33,C37,C38,C42,C45,C46,C50,C52,C54,C59,C6,C61,C62,C63,C64,C65,C69,C78,C79,C86,C87,D2,D9
`Chr6:13782880`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	74	A1,A21,A22,A24,A25,A4,A5,A7,A8,B107,B11,B112,B115,B117,B126,B129,B130,B132,B14,B15,B19,B2,B21,B23,B25,B26,B30,B31,B32,B34,B38,B42,B45,B46,B49,B5,B51,B53,B57,B63,B68,B71,B81,B9,B90,C1,C13,C16,C19,C24,C27,C31,C33,C37,C38,C42,C45,C46,C50,C52,C54,C59,C6,C61,C63,C64,C65,C69,C78,C79,C86,C87,D2,D9
`Chr6:13782899`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	A22,A24,B105,B112,B25,B57,B67,B71,B81,C1,C19,C27,C37,C73,C87
`Chr6:13782901`	`CTA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	15	A22,A24,B105,B112,B25,B57,B67,B71,B81,C1,C19,C27,C37,C73,C87
`Chr6:13782907`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	14	A22,A24,B105,B112,B25,B57,B67,B71,B81,C19,C27,C37,C73,C87
`Chr6:13782926`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B107,B109,B47,B98,C45
`Chr6:13782970`	`GAT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	107	A1,A10,A13,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A7,A8,B100,B103,B105,B107,B108,B11,B111,B117,B118,B120,B126,B128,B130,B132,B134,B135,B15,B16,B19,B2,B20,B21,B24,B25,B26,B30,B31,B32,B34,B38,B41,B42,B45,B46,B47,B48,B49,B51,B56,B57,B60,B61,B63,B66,B71,B75,B81,B82,B85,B86,B87,B9,B90,B93,B97,C1,C11,C13,C15,C16,C19,C20,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C31,C33,C34,C36,C37,C42,C44,C45,C55,C59,C6,C62,C63,C65,C66,C69,C74,C77,C78,C79,C80,C87,C9,D10,D5,D8,D9
`Chr6:13782975`	`G`	`GTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	109	A1,A10,A13,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A7,A8,B100,B103,B105,B107,B108,B11,B111,B117,B118,B120,B122,B126,B128,B130,B132,B134,B135,B15,B16,B19,B2,B20,B21,B24,B25,B26,B30,B31,B32,B34,B38,B41,B42,B45,B46,B47,B48,B49,B51,B56,B60,B61,B63,B66,B71,B75,B81,B82,B85,B86,B87,B9,B90,B93,B97,C1,C11,C13,C15,C16,C19,C20,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C31,C33,C34,C36,C37,C42,C44,C45,C55,C59,C6,C62,C63,C64,C65,C66,C69,C74,C77,C78,C79,C80,C87,C9,D10,D5,D8,D9
`Chr6:13783109`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:13783112`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	C72,C8
`Chr6:13783112`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	C72,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768702.1

595 aa

298

595

Exo_endo_phos

PF03372 Exo_endo_phos 248-579 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768702.1`	Pfam	`PF03372`	Exo_endo_phos	Domain	248	579	2.2e-22	80.6	Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912719.1
GAGCATTTCTCGTTGTATACGAATAGCTGGTAGGTTTGTTAATGGCTGTTTTCACCCTCTCCACCTCTTTCATTTTCTTTAGGTTCTAAATTCGTAAATTATAATGCTGTAAAACCCTAATTTTTTCCATTGAATCGATTTCCCAGACTTACTATTCTCTCCAATCCCCCCGATTCTATCTCTCTACATTGACATGCAAACTCACACAATCCCTTTAACTCCACCAAATCATTCATTAGTTTTCCTTTAATTTCGATTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988763
ATGGTGACTGTGCTTCGGGTGCACTTGCCGTCCGATATACCCATTGTTGGATGCGAATTGACTCCATATGTGCTATTGAAGCGTGCTGATAAGTCTCACATTTCTGATGATATTACTGAGTTCAACCCCATCGACGGCCATTTTTTGAGATATAAATGGTATCGCATACAAAGTGACAAAAAAGTTGCAGTTTGTAATGTTCACCCAACCGAGCAGGCTACATTACAATGCCTTGGATGTCTTAAGGCAAAACTACCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768702.1
MVTVLRVHLPSDIPIVGCELTPYVLLKRADKSHISDDITEFNPIDGHFLRYKWYRIQSDKKVAVCNVHPTEQATLQCLGCLKAKLPVAKSYHCSPKCFADAWQHHRLLHERAATALNENATEEEEIFGRFNTSGSNVSLSTSQSNPNLSNASTTAVTQRNGGETWVEVGYAKMYTPTADDVGHVLKFECTVVDAETKLTVGSPSTFSTSRVIPAPSPIPRRVIPVGMDASRNLDFDGRISSAVTFSVLSYNILSDAYATN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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