当前解析结果
SmilChr06G001392| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001392 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001392 |
| 描述 | enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] 1, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 14557200 - 14560819 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988883 |
|---|---|
| GeneID | 130988883 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988883 |
| 原始查询 | SmilChr06G001392 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] 1, chloroplastic-like |
| 产物 | enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] 1%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT2G05990 (MOD1)NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815152] identity=73.2; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0327400- identity=74.4; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004318 (enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity); GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process) |
| KEGG | smil00061 (Fatty acid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00780 (Biotin metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01212 (Fatty acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00106 (adh_short); PF13561 (adh_short_C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988883 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057768833.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057768833.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768833.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768833.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768833.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:14558926 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr6:14560567 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B34,B45,C15,C46,C72 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768833.1PF00106
adh_short 190-317 aa
PF13561
adh_short_C2 190-371 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768833.1 |
Pfam | PF00106 |
adh_short | Domain | 190 | 317 | 7.9e-10 | 39.3 | short chain dehydrogenase |
XP_057768833.1 |
Pfam | PF13561 |
adh_short_C2 | Domain | 190 | 371 | 2.2e-52 | 178.7 | Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。