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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001392

染色体: Chr06 坐标: 14557200-14560819 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001392
名称SmilChr06G001392
描述enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向14557200 - 14560819 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988883
GeneID130988883
locus_tag-
NCBI NameLOC130988883
原始查询SmilChr06G001392

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] 1, chloroplastic-like
产物enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] 1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G05990 (MOD1)
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815152]
identity=73.2; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0327400
-
identity=74.4; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004318 (enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity); GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process)
KEGGsmil00061 (Fatty acid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00780 (Biotin metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01212 (Fatty acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00106 (adh_short); PF13561 (adh_short_C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988883

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057768833.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057768833.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768833.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768833.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768833.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:14558926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr6:14560567 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B34,B45,C15,C46,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768833.1
393 aa
N
1
196
393
adh_short
adh_short_C2
C
PF00106 adh_short 190-317 aa PF13561 adh_short_C2 190-371 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768833.1 Pfam PF00106 adh_short Domain 190 317 7.9e-10 39.3 short chain dehydrogenase
XP_057768833.1 Pfam PF13561 adh_short_C2 Domain 190 371 2.2e-52 178.7 Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912850.1
CAATTATTCATGTGTAGCAAGGGCAAGATCGTAAATTTGACGAGGTCTGCATCTGCCGAAATAAAACAGCTCACTCAGTCACTGACTCACTCACTCTCTCAACGGCACTTTCAAAGCTTCTCAACAGCCTTAACCAAACTGCATAGTTTTCATCGAACCCTCACGCATATTTACAAACACCATCTCTGCACATCACAATTCACACATCGCAGCACAAGAAAGGATTTTTTCTCTCTCTCAGAGCATTTCAAGCGAGCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988883
ATGGCTGCGACAGCAACTCGTATCACACAACTTTTGGTTGCAAAGCCTTGCGTTTCTGCTTCCCACCAAAGTTCTAGATCGAGCATAGCATGTTTTGGTAGTGAAACCAAAGGCACGTCCTGGACAAAGCTTAGGAGTTCGTCGTTTTTACCTGCCACACAGACATTCTACAAGACCTGCCACAACAACGCTTCTAAACCTCAAAGGCATGCTGTAAAAGCAATGGCTGCTGGAGGTGATAAACAATCTTTGCCAGGATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768833.1
MAATATRITQLLVAKPCVSASHQSSRSSIACFGSETKGTSWTKLRSSSFLPATQTFYKTCHNNASKPQRHAVKAMAAGGDKQSLPGLPIDLRGKRAFIAGIADDNGYGWAIAKSLAAAGAEILVGTWVPALNIFETSLRRGKFDESRVLPDGSLMEIAKVYPLDAVFDSPEDVPEDIKANKRYAGSSNWTVKEVAESVKQDFGSIDILVHSLANGPEVTKPLLETSRNGYLAAISASSYSFVSLLKHFLPIINPGGATIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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