当前解析结果
SmilChr06G001431| 统一基因 ID | SmilChr06G001431 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001431 |
| 描述 | zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 8-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 15131109 - 15133859 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990120 |
|---|---|
| GeneID | 130990120 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130990120 |
| 原始查询 | SmilChr06G001431 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 8-like |
| 产物 | zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 8-like |
| 拟南芥 | AT2G36320 (AT2G36320)A20/AN1-like zinc finger family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818205] identity=47.62; qcov=0.694; evalue=4.42e-50; confidence=medium |
| 水稻 | Os06g0612800 (Osi-SAP8)- identity=64.5; qcov=0.69; evalue=2.01e-76; confidence=high |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01428 (zf-AN1); PF01754 (zf-A20) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990120 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770305.1 |
| 2 | 细胞质 | 0.60000 | XP_057770305.1 |
| 3 | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057770305.1 |
| 4 | 核质 | 0.20000 | XP_057770306.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:15131129 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 23 | B1,B103,B119,B125,B14,B21,B22,B30,B34,B48,B53,B64,B7,B79,C15,C25,C6,C77,C82,C87,D11,D4,D5 |
Chr6:15131138 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B113 |
Chr6:15131205 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B44 |
Chr6:15131205 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr6:15131219 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B9,C38 |
Chr6:15131219 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B9,C38 |
Chr6:15131251 |
GCC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 5 | A24,B122,B2,B93,C86 |
Chr6:15131251 |
GCC |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 5 | A24,B122,B2,B93,C86 |
Chr6:15131255 |
C |
CCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 30 | A22,A6,A9,B120,B13,B135,B15,B27,B56,B57,B61,B74,B85,B86,B93,B94,B96,C12,C19,C37,C45,C46,C59,C60,C61,C71,C73,D1,D3,D7 |
Chr6:15131264 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B44 |
Chr6:15131264 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr6:15131265 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 16 | B101,B126,B132,B17,B29,B3,B69,B87,C10,C34,C38,C41,C55,C71,C9,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770305.1PF01754
zf-A20 87-112 aa
PF01428
zf-AN1 183-219 aa
XP_057770306.1PF01754
zf-A20 16-41 aa
PF01428
zf-AN1 112-148 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770305.1 |
Pfam | PF01754 |
zf-A20 | Domain | 87 | 112 | 2.8e-14 | 53.1 | A20-like zinc finger |
XP_057770305.1 |
Pfam | PF01428 |
zf-AN1 | Domain | 183 | 219 | 3.3e-09 | 37.4 | AN1-like Zinc finger |
XP_057770306.1 |
Pfam | PF01754 |
zf-A20 | Domain | 16 | 41 | 1.4e-14 | 54.1 | A20-like zinc finger |
XP_057770306.1 |
Pfam | PF01428 |
zf-AN1 | Domain | 112 | 148 | 1.9e-09 | 38.2 | AN1-like Zinc finger |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。