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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001440

染色体: Chr06 坐标: 15208420-15213519 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001440
名称SmilChr06G001440
描述1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase 2-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向15208420 - 15213519 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990130
GeneID130990130
locus_tag-
NCBI NameLOC130990130
原始查询SmilChr06G001440

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase 2-like
产物1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase 2-like
ArabidopsisAT3G57650 (LPAT2)
lysophosphatidyl acyltransferase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824934]
identity=72.8; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0637800
-
identity=68.5; qcov=0.941; evalue=9.84e-172; confidence=high
GOGO:0003841 (1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase activity); GO:0012505 (endomembrane system)
KEGGsmil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01553 (Acyltransferase); PF16076 (Acyltransf_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990130

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057770313.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057770313.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057770313.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770313.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770313.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:15208768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr6:15208915 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr6:15209022 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B109
Chr6:15212718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B52,B65,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770313.1
371 aa
N
1
186
371
Acyltransferase
Acyltransf_C
C
PF01553 Acyltransferase 83-228 aa PF16076 Acyltransf_C 239-311 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770313.1 Pfam PF01553 Acyltransferase Family 83 228 2.4e-14 54.0 Acyltransferase
XP_057770313.1 Pfam PF16076 Acyltransf_C Family 239 311 4.7e-24 84.8 Acyltransferase C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914330.1
ATGCTATCTAACGTTGTACGGTACAACACTACAAGTTCACGCAAATACACTGACACCTTCTCTCTTCGTATTTACTAGCCTCCAAACCAAAAAGCAATTATTCATCAGTAAATATATGGATGGGTTTTTATTTATCATAGTTTTGAGATGAATTGAAATCTTGCTTCCAATCTGTCCAATCTCCCCAATTTTTCTGCCCTATATTTATTGCGGCAGTTGTGCCCTCGTCCTTCGCTCCCTAATCGGAGTGTAAATCTATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990130
ATGGCGATCCCAGCTGGGATTGTTGTTTTGCCGTTGGGCGTTCTATTCTTCTGTTCTGGGCTCGTCGTTAATCTAATCCAGGCAGTGTGTTATGTGCTAATAAGGCCACTTTCGAAGAACACTTACCGGAGGATAAACAGGCAGGTTGCAGAACTATTATGGCTCGAGCTCGTGTGGCTGATAGATTGGTGGGCTGGTCTCAAGATTGAATTGTACACTGATTCTGAAACCTTCAAGTTAATGGGTAAAGAACATGCACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770313.1
MAIPAGIVVLPLGVLFFCSGLVVNLIQAVCYVLIRPLSKNTYRRINRQVAELLWLELVWLIDWWAGLKIELYTDSETFKLMGKEHALVMSNHRSDIDWLVGWVLAQRSGCLGSTLAVMKKSSKLLPVIGWSMWFSEYLFLERSWAKDESTLKSGLQRLRDFPLPFWLALFVEGTRFTQAKLLAAQEYASTTGLPVPKNVLIPRTKGFVTAVSHMRSFVPAIYDVTVAIPKASPQPTMLRLFKGQSSVVHVHLKRHLMKDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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