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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001480

染色体: Chr06 坐标: 15784613-15786263 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001480
名称SmilChr06G001480
描述zeatin O-xylosyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向15784613 - 15786263 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990165
GeneID130990165
locus_tag-
NCBI NameLOC130990165
原始查询SmilChr06G001480

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zeatin O-xylosyltransferase-like
产物zeatin O-xylosyltransferase-like
ArabidopsisAT2G31790 (AT2G31790)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817736]
identity=28.4; qcov=1.03; evalue=1.39e-52; confidence=low
RiceOs04g0565400 (CZOGT3)
-
identity=41.1; qcov=1.03; evalue=2.19e-104; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGGsmil00908 (Zeatin biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990165

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057770363.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057770363.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770363.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770363.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770363.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:15784763 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B52,B64,C49,D5
Chr6:15784872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B38,C14,C18
Chr6:15784895 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:15784905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,C14,C18
Chr6:15784917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B38,C14,C18
Chr6:15784919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr6:15785039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,C34,C75
Chr6:15785124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr6:15785174 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr6:15785177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr6:15785262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C27,C46,D4
Chr6:15785264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,C34,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770363.1
457 aa
N
1
228
457
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 15-243 aa PF00201 UDPGT 261-384 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770363.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 15 243 1.5e-72 245.0 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057770363.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 261 384 4e-20 72.8 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914380.1
GCTTACTTTGATAGTTAATTTTAAAAACCATATAAAATTCTCTCTCTCTATATATATATATATATAAACTTATTTATCATCTCATGCTTAAGTCTATCGCTCAATCAAGACACAAATTTATCAAAACACACATACGTGATCATGAGCAATCACCACCGCCAGCCCACCGCCACCAAACTAGCTCCGGTCGCCGTCGTGGCGGTGCCATTTCCGGCACAAGGCCACCTCAACCAAATGCTGCAGCTCTCCTCCCTCATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990165
ATGAGCAATCACCACCGCCAGCCCACCGCCACCAAACTAGCTCCGGTCGCCGTCGTGGCGGTGCCATTTCCGGCACAAGGCCACCTCAACCAAATGCTGCAGCTCTCCTCCCTCATCTCTTCCTACGGCCTCCCCGTCTACTACGCGGGCTCCGCCCTCCACAACCGCCAAGCCCAAGTCCGCATCAACGCCCTACACGACGTCGTCGCGAAGATCCACTTCCACGACTTCCCCACCCCATCCTTTCTCTCTCCTCCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770363.1
MSNHHRQPTATKLAPVAVVAVPFPAQGHLNQMLQLSSLISSYGLPVYYAGSALHNRQAQVRINALHDVVAKIHFHDFPTPSFLSPPPNPNSTDKFPTQLLPAAEATLDLRRPFAAYLREMAGKFARVVVVHDAWMSFVVQDVAQIHNAESYEFVCISAFSSVSFISGFLGLPFPVPHPKELPPFQDWMSDAANKFSFLQSEPSNLRSGTIYNTSRLIEAPYLETLERAEVNKSRPIWAIGPVLPTSSSPNQKCLEWLDKQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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