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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001489

染色体: Chr06 坐标: 15889029-15890447 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001489
名称SmilChr06G001489
描述zeatin O-glucosyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向15889029 - 15890447 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990566
GeneID130990566
locus_tag-
NCBI NameLOC130990566
原始查询SmilChr06G001489

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zeatin O-glucosyltransferase-like
产物zeatin O-glucosyltransferase-like
ArabidopsisAT3G50740 (UGT72E1)
UDP-glucosyl transferase 72E1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824238]
identity=32; qcov=1.02; evalue=1.85e-55; confidence=low
RiceOs04g0565400 (CZOGT3)
-
identity=39.5; qcov=1.03; evalue=2.6e-101; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGGsmil00908 (Zeatin biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990566

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057770770.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057770770.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770770.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770770.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770770.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:15889082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr6:15889307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr6:15889339 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:15889392 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B2,B93,C85
Chr6:15889445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr6:15889571 T TTA 2bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 1 A5
Chr6:15889571 T TTA 2bp_insertion CDS_variant 1 A5
Chr6:15889573 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 A5
Chr6:15889573 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 A5
Chr6:15889756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B2,B78,B82,C85
Chr6:15889772 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:15889809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770770.1
472 aa
N
1
236
472
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 15-252 aa PF00201 UDPGT 272-399 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770770.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 15 252 1.8e-61 208.8 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057770770.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 272 399 1e-21 78.1 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914787.1
ATGACCGATCAAACTCCCGTAAATAAAAACGTCGTGCAACGAGAGGTGGCGGTGGTGGCCGTGCCTTTTCCGGCGCAGAGCCATCTGAATTCCCTCCTCCACCTCTGCCGCCGCATCTCCGCCCACAACCTGGCCGTGCACTACGTGGGCACCGCCACCCACGTCCACCAGGTCACAGCCCGAGTCCACGGCTGCGATCCTTCCGCCATTGCCAACCTTCATTTCCATGGCTTCCCAACTTCTCCTCATCCAAATCATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990566
ATGACCGATCAAACTCCCGTAAATAAAAACGTCGTGCAACGAGAGGTGGCGGTGGTGGCCGTGCCTTTTCCGGCGCAGAGCCATCTGAATTCCCTCCTCCACCTCTGCCGCCGCATCTCCGCCCACAACCTGGCCGTGCACTACGTGGGCACCGCCACCCACGTCCACCAGGTCACAGCCCGAGTCCACGGCTGCGATCCTTCCGCCATTGCCAACCTTCATTTCCATGGCTTCCCAACTTCTCCTCATCCAAATCATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770770.1
MTDQTPVNKNVVQREVAVVAVPFPAQSHLNSLLHLCRRISAHNLAVHYVGTATHVHQVTARVHGCDPSAIANLHFHGFPTSPHPNHSSAAAANSSAKFPSHLLPTFMAILPRFKEPLLALVDELKHKKVVIIFDALMASVVGEIHQSFPNVECYSFQSCNAFFVYSLFWEVAGKMEDLPSDASRIMEELPSMEGCFSIEFQEFLESQRNGGGFQCGTILNTSRVLEGFYFDLLAKLRIFGITPEKHWALGPLSVVFGRAN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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