当前解析结果
SmilChr06G001953| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001953 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001953 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G001953 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 24196005 - 24197495 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990665 |
|---|---|
| GeneID | 130990665 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990665 |
| 原始查询 | SmilChr06G001953 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os04g0191000- identity=30.6; qcov=0.263; evalue=1.73e-08; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990665 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057770873.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057770873.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057770873.1 |
| 4 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.20000 | XP_057770873.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770873.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:24196020 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr6:24196053 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,B28,C87 |
Chr6:24196116 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:24196162 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | A21,B28,C87,D5 |
Chr6:24196162 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B28,C87,D5 |
Chr6:24196203 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B103,B52 |
Chr6:24196209 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B103,C1 |
Chr6:24196212 |
A |
ACG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B57,B92 |
Chr6:24196212 |
A |
ACG |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B57,B92 |
Chr6:24196229 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B28,C87,D5 |
Chr6:24196244 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,B55 |
Chr6:24196255 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B57,B92 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770873.1PF03732
PEG10_N-capsid 44-121 aa
PF00098
zf-CCHC 216-232 aa
PF08284
RVP_2 262-390 aa
PF13650
Asp_protease_2 286-371 aa
PF13975
gag-asp_proteas 290-374 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 294-389 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770873.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 44 | 121 | 8e-14 | 52.5 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
XP_057770873.1 |
Pfam | PF00098 |
zf-CCHC | Domain | 216 | 232 | 4.1e-06 | 27.3 | Zinc knuckle |
XP_057770873.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 262 | 390 | 1.2e-24 | 87.4 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057770873.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 286 | 371 | 1.3e-06 | 29.7 | Aspartyl protease |
XP_057770873.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 290 | 374 | 3.7e-07 | 31.3 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057770873.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 294 | 389 | 3.5e-10 | 41.0 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。