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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003174

染色体: Chr06 坐标: 44673883-44688584 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003174
名称SmilChr06G003174
描述B3 domain-containing protein REM13-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44673883 - 44688584 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989883
GeneID130989883
locus_tag-
NCBI NameLOC130989883
原始查询SmilChr06G003174

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述B3 domain-containing protein REM13-like
产物B3 domain-containing protein REM13-like
ArabidopsisAT2G24645 (AT2G24645)
Transcriptional factor B3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723071]
identity=24.9; qcov=0.791; evalue=7.08e-13; confidence=weak
RiceOs03g0621600
-
identity=25.6; qcov=0.594; evalue=7.57e-14; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding)
KEGG-
PfamPF02362 (B3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989883

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770012.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770012.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770012.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770012.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057770012.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44674047 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B54,B71
Chr6:44674131 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C41
Chr6:44674182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C23
Chr6:44674185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr6:44674347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr6:44674384 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B18,B8,B84
Chr6:44674384 CT C 1bp_deletion CDS_variant 3 B18,B8,B84
Chr6:44674401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr6:44674403 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 30 A13,A18,A23,B105,B113,B125,B136,B24,B25,B3,B33,B37,B48,B70,B98,C13,C14,C18,C22,C25,C3,C30,C47,C5,C57,C63,C82,C87,D1,D10
Chr6:44674441 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B13,B135,B2
Chr6:44674441 C CT 1bp_insertion CDS_variant 3 B13,B135,B2
Chr6:44674548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B82,B86,B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770012.1
445 aa
N
1
222
445
B3
B3
C
PF02362 B3 77-166 aa PF02362 B3 206-297 aa
XP_057770013.1
442 aa
N
1
221
442
B3
B3
C
PF02362 B3 77-166 aa PF02362 B3 203-294 aa
XP_057770014.1
425 aa
N
1
212
425
B3
B3
C
PF02362 B3 77-166 aa PF02362 B3 206-297 aa
XP_057770015.1
424 aa
N
1
212
424
B3
B3
C
PF02362 B3 77-166 aa PF02362 B3 206-295 aa
XP_057770016.1
421 aa
N
1
210
421
B3
B3
C
PF02362 B3 77-166 aa PF02362 B3 203-292 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770012.1 Pfam PF02362 B3 Domain 77 166 2.4e-40 137.3 B3 DNA binding domain
XP_057770012.1 Pfam PF02362 B3 Domain 206 297 2.4e-40 137.3 B3 DNA binding domain
XP_057770013.1 Pfam PF02362 B3 Domain 77 166 2.3e-40 137.3 B3 DNA binding domain
XP_057770013.1 Pfam PF02362 B3 Domain 203 294 2.3e-40 137.3 B3 DNA binding domain
XP_057770014.1 Pfam PF02362 B3 Domain 77 166 1.9e-40 137.6 B3 DNA binding domain
XP_057770014.1 Pfam PF02362 B3 Domain 206 297 1.9e-40 137.6 B3 DNA binding domain
XP_057770015.1 Pfam PF02362 B3 Domain 77 166 3.5e-40 136.7 B3 DNA binding domain
XP_057770015.1 Pfam PF02362 B3 Domain 206 295 3.5e-40 136.7 B3 DNA binding domain
XP_057770016.1 Pfam PF02362 B3 Domain 77 166 3.4e-40 136.8 B3 DNA binding domain
XP_057770016.1 Pfam PF02362 B3 Domain 203 292 3.4e-40 136.8 B3 DNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914033.1
GCCTAAGCTAACAAGATGCCACTAGGCATCAATATACGTGAGAGACCATTCAAATCCCTGCACCCTCACCATCACACTTTCTTATGCAACTCCCATTTCTCTCTAAAACCAAAAGGCGAGCTGCATCCTCCAACTTCTTCGCCGCCGGCGACTGCGAAAAAGGTAATTTGCAAAAACGAAGAAGAACAAAAAGAGAAGAAATCCCCAAACCCAATGCCTAGAAGATCAAACGATACGCCTTCATTTTTCAAGGTTCTCAG...
XM_057914032.1
GCCTAAGCTAACAAGATGCCACTAGGCATCAATATACGTGAGAGACCATTCAAATCCCTGCACCCTCACCATCACACTTTCTTATGCAACTCCCATTTCTCTCTAAAACCAAAAGGCGAGCTGCATCCTCCAACTTCTTCGCCGCCGGCGACTGCGAAAAAGGTAATTTGCAAAAACGAAGAAGAACAAAAAGAGAAGAAATCCCCAAACCCAATGCCTAGAAGATCAAACGATACGCCTTCATTTTTCAAGGTTCTCAG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130989883
ATGCCACTAGGCATCAATATACGTGAGAGACCATTCAAATCCCTGCACCCTCACCATCACACTTTCTTATGCAACTCCCATTTCTCTCTAAAACCAAAAGGCGAGCTGCATCCTCCAACTTCTTCGCCGCCGGCGACTGCGAAAAAGGTAATTTGCAAAAACGAAGAAGAACAAAAAGAGAAGAAATCCCCAAACCCAATGCCTAGAAGATCAAACGATACGCCTTCATTTTTCAAGGTTCTCAGCAGCGTGGATTACAT...
LOC130989883
ATGCCACTAGGCATCAATATACGTGAGAGACCATTCAAATCCCTGCACCCTCACCATCACACTTTCTTATGCAACTCCCATTTCTCTCTAAAACCAAAAGGCGAGCTGCATCCTCCAACTTCTTCGCCGCCGGCGACTGCGAAAAAGGTAATTTGCAAAAACGAAGAAGAACAAAAAGAGAAGAAATCCCCAAACCCAATGCCTAGAAGATCAAACGATACGCCTTCATTTTTCAAGGTTCTCAGCAGCGTGGATTACAT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057770012.1
MPLGINIRERPFKSLHPHHHTFLCNSHFSLKPKGELHPPTSSPPATAKKVICKNEEEQKEKKSPNPMPRRSNDTPSFFKVLSSVDYIKLLRLPPHFLRKYELTLPENVKLRVDDSGRRWNVRVERMNDGLFCFTNGWEKFAEDAALKFGEFLVFSVVAKSELNVVIYETSCCKREIPLLQLNAQVLEEEKKSPNPMSGRSNETPSFFKVLSNVDYIKLLRLPPHFLRKYELTLPANVKLRVDDSGRRWNVRVERMDDGLF...
XP_057770013.1
MPLGINIRERPFKSLHPHHHTFLCNSHFSLKPKGELHPPTSSPPATAKKVICKNEEEQKEKKSPNPMPRRSNDTPSFFKVLSSVDYIKLLRLPPHFLRKYELTLPENVKLRVDDSGRRWNVRVERMNDGLFCFTNGWEKFAEDAALKFGEFLVFSVVAKSELNVVIYETSCCKREIPLLQLNAQEEKKSPNPMSGRSNETPSFFKVLSNVDYIKLLRLPPHFLRKYELTLPANVKLRVDDSGRRWNVRVERMDDGLFCFT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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