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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003202

染色体: Chr06 坐标: 44864869-44866353 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003202
名称SmilChr06G003202
描述alkane hydroxylase MAH1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44864869 - 44866353 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991031
GeneID130991031
locus_tag-
NCBI NameLOC130991031
原始查询SmilChr06G003202

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alkane hydroxylase MAH1-like
产物alkane hydroxylase MAH1-like
ArabidopsisAT1G57750 (CYP96A15)
cytochrome P450, family 96, subfamily A, polypeptide 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842150]
identity=38.5; qcov=1; evalue=1.58e-125; confidence=medium
RiceOs03g0140100 (MAH1)
-
identity=34.7; qcov=0.951; evalue=1.57e-107; confidence=low
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991031

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057771216.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057771216.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771216.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771216.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771216.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44865068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:44865154 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B28,B42,B43,C26
Chr6:44865276 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B52,C5,D3
Chr6:44865276 GC G 1bp_deletion CDS_variant 3 B52,C5,D3
Chr6:44865324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B72,C8
Chr6:44865631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr6:44865776 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 28 A10,A13,A24,A6,B103,B130,B137,B139,B33,B41,B53,B55,B57,B67,B71,B79,B80,B91,C12,C23,C42,C44,C48,C51,C62,C74,C80,C82
Chr6:44865779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr6:44865973 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr6:44866157 G GTC 2bp_insertion frameshift_variant 4 A22,C13,C62,D10
Chr6:44866157 G GTC 2bp_insertion CDS_variant 4 A22,C13,C62,D10
Chr6:44866159 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 4 A22,C13,C62,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771216.1
494 aa
N
1
247
494
p450
C
PF00067 p450 30-482 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771216.1 Pfam PF00067 p450 Domain 30 482 7.5e-55 187.2 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915233.1
ATGTGCTACACCCAAACCTTTTTAGCCATCATCACACTCATTTGCTCCCTCCTCCTCACTTTCCTCCCTTCCAAGACCCTCCCATGGAATTGGCCGCTGATGAAGCTCCTGCCGACGGCGTACCTCCGCAGCCACGAGCTCTACGACAAGCTCACGCAGGTCCTCGCCGAGAGCAACGGCACGATCCTGTGCCGAACCTCGTGGTACACGAACGTGGACACGCTGGTGACCAGCGACCCACGCAACGTGCAGCACGTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991031
ATGTGCTACACCCAAACCTTTTTAGCCATCATCACACTCATTTGCTCCCTCCTCCTCACTTTCCTCCCTTCCAAGACCCTCCCATGGAATTGGCCGCTGATGAAGCTCCTGCCGACGGCGTACCTCCGCAGCCACGAGCTCTACGACAAGCTCACGCAGGTCCTCGCCGAGAGCAACGGCACGATCCTGTGCCGAACCTCGTGGTACACGAACGTGGACACGCTGGTGACCAGCGACCCACGCAACGTGCAGCACGTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771216.1
MCYTQTFLAIITLICSLLLTFLPSKTLPWNWPLMKLLPTAYLRSHELYDKLTQVLAESNGTILCRTSWYTNVDTLVTSDPRNVQHVLNSRSSLYQRGSEFRKVFDFLGEAVFVKGIKEWKEDKKVTHGFFKESGFHAAAPGIIRRTLETGLVPVLRHAAASGGVLDLQEVFSRYMIDATCLMATGSDMASLRVGFPPCPLREAMDDMADAVFWRNVLPEKVWRMQNLLGVGTERKMARACNDLNQIIDSLMSSRKNQDLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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