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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003203

染色体: Chr06 坐标: 44871178-44924816 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003203
名称SmilChr06G003203
描述putative glucose-6-phosphate 1-epimerase
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44871178 - 44924816 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989925
GeneID130989925
locus_tag-
NCBI NameLOC130989925
原始查询SmilChr06G003203

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative glucose-6-phosphate 1-epimerase
产物putative glucose-6-phosphate 1-epimerase
ArabidopsisAT5G66530 (AT5G66530)
Galactose mutarotase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836785]
identity=70.1; qcov=0.974; evalue=1.56e-160; confidence=high
RiceOs09g0327400
-
identity=73.4; qcov=0.935; evalue=2.17e-158; confidence=high
GOGO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0016853 (isomerase activity); GO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGGsmil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01263 (Aldose_epim)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989925

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057770080.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057770082.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057770080.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770082.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770082.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44872966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,C5
Chr6:44872980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B3,B77,C34
Chr6:44872989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B24,B52
Chr6:44873300 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr6:44873301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B53,C35,C64,C66,D8
Chr6:44873823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,A8
Chr6:44874192 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,C37
Chr6:44874674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr6:44874690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr6:44874708 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr6:44875078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr6:44875126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B24,B52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770080.1
333 aa
N
1
166
333
Aldose_epim
C
PF01263 Aldose_epim 48-286 aa
XP_057770081.1
333 aa
N
1
166
333
Aldose_epim
C
PF01263 Aldose_epim 48-286 aa
XP_057770082.1
306 aa
N
1
153
306
Aldose_epim
C
PF01263 Aldose_epim 48-302 aa
XP_057770083.1
306 aa
N
1
153
306
Aldose_epim
C
PF01263 Aldose_epim 48-302 aa
XP_057770084.1
306 aa
N
1
153
306
Aldose_epim
C
PF01263 Aldose_epim 48-302 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770080.1 Pfam PF01263 Aldose_epim Family 48 286 3.6e-39 135.6 Aldose 1-epimerase
XP_057770081.1 Pfam PF01263 Aldose_epim Family 48 286 3.7e-39 135.6 Aldose 1-epimerase
XP_057770082.1 Pfam PF01263 Aldose_epim Family 48 302 8e-43 147.6 Aldose 1-epimerase
XP_057770083.1 Pfam PF01263 Aldose_epim Family 48 302 8.1e-43 147.6 Aldose 1-epimerase
XP_057770084.1 Pfam PF01263 Aldose_epim Family 48 302 6.4e-43 148.0 Aldose 1-epimerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914101.1
TATTATTTGGCTTAACTGCCAATTCACGAGGAGAGAAGAGCAAAGCATAAATCTTGTTATGATACCTTTTTGTATTTTGGCTGGTTGTGAGTTGTGAATATGTGATGCATGAGAGAGAAGAACAAATCATAAATCCTATTCTGATCCCTCACTAGGAATAGGCTAAGCGAAGATGGTGGCGCTGCCGATGACATGGTCTTTCTCCGCCGCCACACCTCGCCGAGTCAGCCGATTTTCTGGTGTAGCAATGGCTTCTGCAG...
XM_057914098.1
CACGAGGAGAGAAGAGCAAAGCATAAATCTTGTTATGATACCTTTTTGTATTTTGGCTGGTTGTGAGTTGTGAATATGTGATGCATGAGAGAGAAGAACAAATCATAAATCCTATTCTGATCCCTCACTAGGAATAGGCTAAGCGAAGATGGTGGCGCTGCCGATGACATGGTCTTTCTCCGCCGCCACACCTCGCCGAGTCAGCCGATTTTCTGGTGTAGCAATGGCTTCTGCAGGCGCGAAGGTCGAAAATGTGAAAG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130989925
ATGGTGGCGCTGCCGATGACATGGTCTTTCTCCGCCGCCACACCTCGCCGAGTCAGCCGATTTTCTGGTGTAGCAATGGCTTCTGCAGGCGCGAAGGTCGAAAATGTGAAAGTTGATAAGGGATTAGGTGATTTGCCCAAAGTTATTTTGACTTCTGCCCACGGAAGTGAGGCGGAGCTGTACCTCTATGGAGGTTGTGTGACATCATGGAAAGTAGCAAGTAAGGACCTCCTCTTCGTTCGGCCAGATGCCGTGTTTAC...
LOC130989925
ATGGTGGCGCTGCCGATGACATGGTCTTTCTCCGCCGCCACACCTCGCCGAGTCAGCCGATTTTCTGGTGTAGCAATGGCTTCTGCAGGCGCGAAGGTCGAAAATGTGAAAGTTGATAAGGGATTAGGTGATTTGCCCAAAGTTATTTTGACTTCTGCCCACGGAAGTGAGGCGGAGCTGTACCTCTATGGAGGTTGTGTGACATCATGGAAAGTAGCAAGTAAGGACCTCCTCTTCGTTCGGCCAGATGCCGTGTTTAC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057770080.1
MVALPMTWSFSAATTRRVSRFSGVAMASAGAKVENVKVDKGLGDLPKVILTSAHGSEAELYLYGGCVTSWKVASKDLLFVRPDAVFTGQKPISGGIPHCFPQFGPGAIQQHGFARNMNWSIVSSETVEGNPSITLELKDGPYSRSMWDYSFQALYKVTLDSNALSTELKVINTDEKPFSFTTALHTYFRASVTGASVKGLKGCKTLNKDPDPKNPVEGKEGRELVTFPGFVDCVYLEAPTELQLENGLGGVITIKNTNWS...
XP_057770081.1
MVALPMTWSFSAATPRRVSRFSGVAMASAGAKVENVKVDKGLGDLPKVILTSAHGSEAELYLYGGCVTSWKVASKDLLFVRPDAVFTGQKPISGGIPHCFPQFGPGAIQQHGFARNMNWSIVSSETVEGNPSITLELKDGPYSRSMWDYSFQALYKVTLDSNALSTELKVINTDEKPFSFTTALHTYFRASVTGASVKGLKGCKTLNKDPDPKNPVEGKEGRELVTFPGFVDCVYLEAPTELQLENGLGGVITIKNTNWS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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