Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003221

染色体: Chr06 坐标: 44969730-44973776 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003221
名称SmilChr06G003221
描述putative glucose-6-phosphate 1-epimerase
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44969730 - 44973776 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989924
GeneID130989924
locus_tag-
NCBI NameLOC130989924
原始查询SmilChr06G003221

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative glucose-6-phosphate 1-epimerase
产物putative glucose-6-phosphate 1-epimerase
ArabidopsisAT5G66530 (AT5G66530)
Galactose mutarotase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836785]
identity=70.1; qcov=0.974; evalue=7.39e-161; confidence=high
RiceOs09g0327400
-
identity=73.8; qcov=0.935; evalue=2.75e-159; confidence=high
GOGO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0016853 (isomerase activity); GO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGGsmil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01263 (Aldose_epim)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989924

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057770077.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057770079.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057770077.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770079.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770079.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44969926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr6:44973034 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B103,B40,C50
Chr6:44973034 CG C 1bp_deletion CDS_variant 3 B103,B40,C50
Chr6:44973237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,C50
Chr6:44973261 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 10 A13,B124,B139,B29,B43,B86,B99,C48,C71,D9
Chr6:44973322 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 30 A13,A16,A19,B101,B103,B110,B124,B13,B135,B139,B18,B29,B43,B49,B65,B68,B75,B79,B8,B82,B86,B99,C11,C17,C48,C50,C7,C71,C9,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770077.1
333 aa
N
1
166
333
Aldose_epim
C
PF01263 Aldose_epim 48-286 aa
XP_057770079.1
306 aa
N
1
153
306
Aldose_epim
C
PF01263 Aldose_epim 48-302 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770077.1 Pfam PF01263 Aldose_epim Family 48 286 3.6e-39 135.6 Aldose 1-epimerase
XP_057770079.1 Pfam PF01263 Aldose_epim Family 48 302 8e-43 147.6 Aldose 1-epimerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914096.1
TTATTATTATTATTTGGCTTAAGCTTAACTGCCAATTCACGAGGAGAGAAGAGCAAAGCATAAATCTTGTTATGATACCTTTTTGTATTTTGGCTGGTTGTGAGTTGTGAATATGTGATGCATGAGAGAGAAGAACAAATCATATATCCTATTCTGATCCCTCACTAGGAATAGTCTAAGCGAAGATGGTGGCGCTGCCGATGACATGGTCTTTCTCCGCCGCCACAACTCGCCGAGTCAGCCGATTTTCTGGTGTAGCA...
XM_057914094.1
ACGAGGAGAGAAGAGCAAAGCATAAATCTTGTTATGATACCTTTTTGTATTTTGGCTGGTTGTGAGTTGTGAATATGTGATGCATGAGAGAGAAGAACAAATCATATATCCTATTCTGATCCCTCACTAGGAATAGTCTAAGCGAAGATGGTGGCGCTGCCGATGACATGGTCTTTCTCCGCCGCCACAACTCGCCGAGTCAGCCGATTTTCTGGTGTAGCAATGGCTTCTGCAGGCGCGAAGGTCGAAAATGTGAAAGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989924
ATGGTGGCGCTGCCGATGACATGGTCTTTCTCCGCCGCCACAACTCGCCGAGTCAGCCGATTTTCTGGTGTAGCAATGGCTTCTGCAGGCGCGAAGGTCGAAAATGTGAAAGTTGATAAGGGATTAGGTGATTTGCCCAAAGTTATTTTGACTTCTGCCCACGGAAGTGAGGCGGAGCTGTACCTCTATGGAGGTTGTGTGACATCATGGAAAGTAGCAAGTAAGGACCTCCTCTTCGTTCGGCCAGATGCCGTGTTTAC...
LOC130989924
ATGGTGGCGCTGCCGATGACATGGTCTTTCTCCGCCGCCACAACTCGCCGAGTCAGCCGATTTTCTGGTGTAGCAATGGCTTCTGCAGGCGCGAAGGTCGAAAATGTGAAAGTTGATAAGGGATTAGGTGATTTGCCCAAAGTTATTTTGACTTCTGCCCACGGAAGTGAGGCGGAGCTGTACCTCTATGGAGGTTGTGTGACATCATGGAAAGTAGCAAGTAAGGACCTCCTCTTCGTTCGGCCAGATGCCGTGTTTAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057770077.1
MVALPMTWSFSAATTRRVSRFSGVAMASAGAKVENVKVDKGLGDLPKVILTSAHGSEAELYLYGGCVTSWKVASKDLLFVRPDAVFTGQKPISGGIPHCFPQFGPGAIQQHGFARNMNWSIVSSETVEGNPSITLELKDGPYSRSMWDYSFQALYKVTLDSNALSTELKVINTDEKPFSFTTALHTYFRASVTGASVKGLKGCKTLNKDPDPKNPVEGKEGRELVTFPGFVDCVYLEAPTELQLENGLGGVITIKNTNWS...
XP_057770079.1
MVALPMTWSFSAATTRRVSRFSGVAMASAGAKVENVKVDKGLGDLPKVILTSAHGSEAELYLYGGCVTSWKVASKDLLFVRPDAVFTGQKPISGGIPHCFPQFGPGAIQQHGFARNMNWSIVSSETVEGNPSITLELKDGPYSRSMWDYSFQALYKVTLDSNALSTELKVINTDEKPFSFTTALHTYFRASVTGASVKGLKGCKTLNKDPDPKNPVEGKEGRELVTFPGFVDCVYLEAPTELQLENGLGGVITIKNTNWS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器