当前解析结果
SmilChr06G003221| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003221 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003221 |
| 描述 | putative glucose-6-phosphate 1-epimerase |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 44969730 - 44973776 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989924 |
|---|---|
| GeneID | 130989924 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989924 |
| 原始查询 | SmilChr06G003221 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative glucose-6-phosphate 1-epimerase |
| 产物 | putative glucose-6-phosphate 1-epimerase |
| Arabidopsis | AT5G66530 (AT5G66530)Galactose mutarotase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836785] identity=70.1; qcov=0.974; evalue=7.39e-161; confidence=high |
| Rice | Os09g0327400- identity=73.8; qcov=0.935; evalue=2.75e-159; confidence=high |
| GO | GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0016853 (isomerase activity); GO:0030246 (carbohydrate binding) |
| KEGG | smil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01263 (Aldose_epim) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989924 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057770077.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057770079.1 |
| 3 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.40000 | XP_057770077.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770079.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770079.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:44969926 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B38 |
Chr6:44973034 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B103,B40,C50 |
Chr6:44973034 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B103,B40,C50 |
Chr6:44973237 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B139,C50 |
Chr6:44973261 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 10 | A13,B124,B139,B29,B43,B86,B99,C48,C71,D9 |
Chr6:44973322 |
C |
CAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 30 | A13,A16,A19,B101,B103,B110,B124,B13,B135,B139,B18,B29,B43,B49,B65,B68,B75,B79,B8,B82,B86,B99,C11,C17,C48,C50,C7,C71,C9,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770077.1PF01263
Aldose_epim 48-286 aa
XP_057770079.1PF01263
Aldose_epim 48-302 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770077.1 |
Pfam | PF01263 |
Aldose_epim | Family | 48 | 286 | 3.6e-39 | 135.6 | Aldose 1-epimerase |
XP_057770079.1 |
Pfam | PF01263 |
Aldose_epim | Family | 48 | 302 | 8e-43 | 147.6 | Aldose 1-epimerase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。