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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003251

染色体: Chr06 坐标: 45180894-45185643 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003251
名称SmilChr06G003251
描述serine/threonine-protein kinase SAPK7-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向45180894 - 45185643 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989965
GeneID130989965
locus_tag-
NCBI NameLOC130989965
原始查询SmilChr06G003251

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase SAPK7-like
产物serine/threonine-protein kinase SAPK7-like
ArabidopsisAT1G60940 (SNRK2.10)
SNF1-related protein kinase 2.10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842385]
identity=80.1; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0432000 (SAPK7)
-
identity=80.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989965

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770131.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770131.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057770131.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057770131.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770131.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:45181015 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B76,C48,C8
Chr6:45185286 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 26 B1,B104,B115,B122,B128,B132,B133,B16,B24,B26,B34,B38,B39,B47,B5,B51,B60,B78,C25,C32,C41,C55,C68,C82,C83,C85
Chr6:45185287 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 7 B136,B28,B37,B68,B89,C35,C52
Chr6:45185357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B13,B52
Chr6:45185358 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B46,B76,C48,C8
Chr6:45185438 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 23 A14,B103,B110,B129,B134,B3,B33,B38,B39,B50,B60,B66,B75,C16,C22,C34,C37,C76,C78,C83,C9,D10,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770131.1
361 aa
N
1
180
361
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 4-260 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 6-256 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770131.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 4 260 3.5e-71 240.4 Protein kinase domain
XP_057770131.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 6 256 5.4e-32 111.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914148.1
TAATATGATGGATTTGGTAATATGGGCTCTATATAAATACTGTATATAGTTGGAGAGGTAAACAAATTAAGTGAGATAAAGTGAAAAGAAGAGGAGAGAGAAGGAAAGGATCTATGGAGAAGTACGATGTGGTGAAACATCTTGGAGCTGGAAATTTTGGAGTGGCGAGGCTTCTCAGGCATAAACAAACCAAGGAGCTCGTCGCCATGAAATATATTGAGCGTGGACATAAGATTGACGAAAATGTGGCGAGAGAAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989965
ATGGAGAAGTACGATGTGGTGAAACATCTTGGAGCTGGAAATTTTGGAGTGGCGAGGCTTCTCAGGCATAAACAAACCAAGGAGCTCGTCGCCATGAAATATATTGAGCGTGGACATAAGATTGACGAAAATGTGGCGAGAGAAATTATCAACCACAGATCGCTTCGCCATCCCAATATTATTCGTTTCAAAGAGGTGGTTGTGACGCCCACACATTTGGCAATCGTAATGGAGTACGCAGCTGGTGGAGAACTATTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770131.1
MEKYDVVKHLGAGNFGVARLLRHKQTKELVAMKYIERGHKIDENVAREIINHRSLRHPNIIRFKEVVVTPTHLAIVMEYAAGGELFDRICSAGRFSEDEARYFFQQLISGVSFCHSMQICHRDLKLENTLLDGSPAPRLKICDFGYSKSSVLHSRPKSTVGTPAYIAPEVLSRREYDGKMADVWSCGVTLYVMLVGAYPFEDPDDPKNFRKTITRIMAGQYKIPDYVYISQDCRHLLSRIFVANSSRRINIKEIKSHPWF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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