当前解析结果
SmilChr06G003251| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003251 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003251 |
| 描述 | serine/threonine-protein kinase SAPK7-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 45180894 - 45185643 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989965 |
|---|---|
| GeneID | 130989965 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989965 |
| 原始查询 | SmilChr06G003251 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine/threonine-protein kinase SAPK7-like |
| 产物 | serine/threonine-protein kinase SAPK7-like |
| Arabidopsis | AT1G60940 (SNRK2.10)SNF1-related protein kinase 2.10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842385] identity=80.1; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0432000 (SAPK7)- identity=80.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction) |
| KEGG | smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989965 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770131.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057770131.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057770131.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057770131.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770131.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:45181015 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B136,B76,C48,C8 |
Chr6:45185286 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 26 | B1,B104,B115,B122,B128,B132,B133,B16,B24,B26,B34,B38,B39,B47,B5,B51,B60,B78,C25,C32,C41,C55,C68,C82,C83,C85 |
Chr6:45185287 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B136,B28,B37,B68,B89,C35,C52 |
Chr6:45185357 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,B13,B52 |
Chr6:45185358 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B136,B46,B76,C48,C8 |
Chr6:45185438 |
A |
AGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 23 | A14,B103,B110,B129,B134,B3,B33,B38,B39,B50,B60,B66,B75,C16,C22,C34,C37,C76,C78,C83,C9,D10,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770131.1PF00069
Pkinase 4-260 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 6-256 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770131.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 4 | 260 | 3.5e-71 | 240.4 | Protein kinase domain |
XP_057770131.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 6 | 256 | 5.4e-32 | 111.8 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。