Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000009`

染色体: Chr07 坐标: 32209-39348 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000009`
名称	SmilChr07G000009
描述	uncharacterized SmilChr07G000009
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	32209 - 39348 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991198`
GeneID	`130991198`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991198`
原始查询	`SmilChr07G000009`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818950]; symbol=AT2G43490; hit=AT2G43490; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818950]; symbol=AT2G43490; hit=AT2G43490; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G43490` (AT2G43490) Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818950] identity=54.4; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0100100` - identity=52.7; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005096 (GTPase activator activity); GO:0090630 (activation of GTPase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00566 (RabGAP-TBC); PF23436 (RabGap-TBC_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991198

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057771277.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057771277.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057771277.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771277.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771277.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:34648`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr7:34666`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D11
`Chr7:36113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr7:36398`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B78,C33,C46
`Chr7:36412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,B4
`Chr7:37398`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr7:37452`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771277.1

690 aa

345

690

RabGAP-TBC

RabGap-TBC_2

PF00566 RabGAP-TBC 373-520 aa PF23436 RabGap-TBC_2 400-520 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771277.1`	Pfam	`PF00566`	RabGAP-TBC	Family	373	520	3.3e-33	115.9	Rab-GTPase-TBC domain
`XP_057771277.1`	Pfam	`PF23436`	RabGap-TBC_2	Domain	400	520	5.5e-11	43.3	RabGAP TBC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA

XR_009091105.1
AATTTGCCCATTTCTGAAACCAAAAAATTCGTTGAAATCACATCTGACTTGCGAGTTCTTGATGCCCACCACCACCAACTTCAGACGCAAAGAAAAAAAAAAGCCAAACTCTAAATATAAAATAATTTTATTAAAATTAAATTCTAAGAAAAATTAGGGGGAAAAAGGAAAGAGAAGGAAAATAAAAGAAAAGAAACGATCTTTGCGTGTTAATGGCGCCTGAGCTTGTAAACGCCATTCTTCAATCTCTGTTGGTCAGA...

XR_009091103.1
AATTTGCCCATTTCTGAAACCAAAAAATTCGTTGAAATCACATCTGACTTGCGAGTTCTTGATGCCCACCACCACCAACTTCAGACGCAAAGAAAAAAAAAAGCCAAACTCTAAATATAAAATAATTTTATTAAAATTAAATTCTAAGAAAAATTAGGGGGAAAAAGGAAAGAGAAGGAAAATAAAAGAAAAGAAACGATCTTTGCGTGTTAATGGCGCCTGAGCTTGTAAACGCCATTCTTCAATCTCTGTTGGTCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991198
ATGTCTTTTGACGGAGCCGAGAAGCAATGGAAATGCGTAGCTCCAGTGAGTTTTCAGAGAGTCAGTTCGATTGTGCGCGATATTGGAGAACCTTGTCTCTATCAATCACCACTAAAGGTTGTGTCGGCTATAGGCAAAATGCTTAAGCCAGATAAGTGGCAGTCAACCTTTGACAGCAATGGAAAGATTTTTGGCTTCCGCAAAGTGCTGAAGTTAATCATTTTGGGGGGTGTTGACCCTTCCATACGAGCTGAAGTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771277.1
MSFDGAEKQWKCVAPVSFQRVSSIVRDIGEPCLYQSPLKVVSAIGKMLKPDKWQSTFDSNGKIFGFRKVLKLIILGGVDPSIRAEVWEFLLGCYSLSSTAEYRKQLRAARRERYRDLVRECQVMHSSIGTGSLAYVVGSKVMDMRMSSQEERRDTEDQTERISEANTNTKDVNCVLDGNYTDKSYTCLKESSNDYGDLVCVRRSTMGGAYDSSSYPPSPDPCNYSSPTAYGPHDSDYVSESYLDFPALPFTDLFEEKNKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器