当前解析结果
SmilChr07G000016| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000016 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000016 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G000016 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 79023 - 83329 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991206 |
|---|---|
| GeneID | 130991206 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991206 |
| 原始查询 | SmilChr07G000016 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817622]; symbol=AT2G30710; hit=AT2G30710; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817622]; symbol=AT2G30710; hit=AT2G30710; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G30710 (AT2G30710)Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817622] identity=70.8; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os09g0515800 (TBC22A)- identity=67.7; qcov=0.967; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005096 (GTPase activator activity); GO:0090630 (activation of GTPase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00566 (RabGAP-TBC); PF23436 (RabGap-TBC_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991206 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057771291.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057771291.1 |
| 3 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.40000 | XP_057771291.1 |
| 4 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.40000 | XP_057771291.1 |
| 5 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.40000 | XP_057771291.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:79153 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B130 |
Chr7:79225 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr7:80722 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B43,C21 |
Chr7:82996 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C26 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771291.1PF00566
RabGAP-TBC 158-398 aa
PF23436
RabGap-TBC_2 295-417 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771291.1 |
Pfam | PF00566 |
RabGAP-TBC | Family | 158 | 398 | 6.3e-48 | 164.0 | Rab-GTPase-TBC domain |
XP_057771291.1 |
Pfam | PF23436 |
RabGap-TBC_2 | Domain | 295 | 417 | 8e-10 | 39.5 | RabGAP TBC domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。