当前解析结果
SmilChr07G000097| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000097 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000097 |
| 描述 | calmodulin calcium-dependent NAD kinase |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 528587 - 535968 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991292 |
|---|---|
| GeneID | 130991292 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991292 |
| 原始查询 | SmilChr07G000097 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | calmodulin calcium-dependent NAD kinase |
| 产物 | calmodulin calcium-dependent NAD kinase |
| Arabidopsis | AT1G06750 (AT1G06750)P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837186] identity=62.2; qcov=0.971; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0508800- identity=64.3; qcov=0.912; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0016301 (kinase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06414 (Zeta_toxin); PF13671 (AAA_33) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991292 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.80000 | XP_057771402.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.40000 | XP_057771402.1 |
| 3 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 0.40000 | XP_057771402.1 |
| 4 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057771402.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771402.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:530918 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr7:531300 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr7:531414 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr7:531455 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr7:533365 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C13,C26,C40,C5 |
Chr7:533527 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr7:533555 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:534085 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B102 |
Chr7:534085 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr7:534172 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:534286 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:534334 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B26,B28,B72,C55,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771402.1PF06414
Zeta_toxin 205-320 aa
PF13671
AAA_33 212-322 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771402.1 |
Pfam | PF06414 |
Zeta_toxin | Domain | 205 | 320 | 3e-18 | 66.7 | Zeta toxin |
XP_057771402.1 |
Pfam | PF13671 |
AAA_33 | Domain | 212 | 322 | 2.6e-06 | 28.5 | AAA domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。