当前解析结果
SmilChr07G000136| 统一基因 ID | SmilChr07G000136 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000136 |
| 描述 | F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 810132 - 811814 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993006 |
|---|---|
| GeneID | 130993006 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130993006 |
| 原始查询 | SmilChr07G000136 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420-like |
| 产物 | F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420-like |
| 拟南芥 | AT5G02930 (AT5G02930)F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831737] identity=23.13; qcov=0.92; evalue=2.41e-16; confidence=weak |
| 水稻 | Os08g0199000 (OsFbox426)- identity=27.14; qcov=0.556; evalue=4.58e-10; confidence=low |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00646 (F-box); PF24758 (LRR_At5g56370) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993006 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞核 | 1.00000 | XP_057773710.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:810155 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C85 |
Chr7:810155 |
A |
AC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr7:810156 |
A |
AAG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C85 |
Chr7:810156 |
A |
AAG |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr7:810223 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr7:810391 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C22,C40,D10 |
Chr7:810432 |
G |
GTC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 8 | B136,B32,B94,C39,C47,C6,C68,C9 |
Chr7:810435 |
GCC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B136,B94,C39,C47,C6,C68 |
Chr7:810470 |
CTT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B90,B92,B99,D10,D11,D8 |
Chr7:810515 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B98 |
Chr7:810913 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
Chr7:810926 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773710.1PF00646
F-box 13-50 aa
PF24758
LRR_At5g56370 145-236 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773710.1 |
Pfam | PF00646 |
F-box | Domain | 13 | 50 | 0.00036 | 21.1 | F-box domain |
XP_057773710.1 |
Pfam | PF24758 |
LRR_At5g56370 | Repeat | 145 | 236 | 2.6e-09 | 37.8 | FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。