同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000136

染色体: Chr07 坐标: 810132-811814 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr07G000136
名称SmilChr07G000136
描述F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向810132 - 811814 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993006
GeneID130993006
locus_tag-
NCBI 名称LOC130993006
原始查询SmilChr07G000136

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420-like
产物F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420-like
拟南芥AT5G02930 (AT5G02930)
F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831737]
identity=23.13; qcov=0.92; evalue=2.41e-16; confidence=weak
水稻Os08g0199000 (OsFbox426)
-
identity=27.14; qcov=0.556; evalue=4.58e-10; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF24758 (LRR_At5g56370)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993006

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞核 1.00000 XP_057773710.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:810155 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C85
Chr7:810155 A AC 1bp_insertion CDS_variant 1 C85
Chr7:810156 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 1 C85
Chr7:810156 A AAG 2bp_insertion CDS_variant 1 C85
Chr7:810223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr7:810391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C22,C40,D10
Chr7:810432 G GTC 2bp_insertion frameshift_variant 8 B136,B32,B94,C39,C47,C6,C68,C9
Chr7:810435 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 6 B136,B94,C39,C47,C6,C68
Chr7:810470 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 6 B90,B92,B99,D10,D11,D8
Chr7:810515 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr7:810913 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr7:810926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773710.1
489 aa
N
1
244
489
F-box
LRR_At5g56370
C
PF00646 F-box 13-50 aa PF24758 LRR_At5g56370 145-236 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057773710.1 Pfam PF00646 F-box Domain 13 50 0.00036 21.1 F-box domain
XP_057773710.1 Pfam PF24758 LRR_At5g56370 Repeat 145 236 2.6e-09 37.8 FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917727.1
ATGCATCATTATGTTTCAGAGGTTTTCATGGATCGACTCAGTGAGTTGCCGGACTCGATAATATTTCACATATTTTGGTTGTTGCCTATTACCAATGTTGTTAGGACAACAATTCTATCGAAGCGCTGGGAAAACCTTTGGACCTCCACACCCTACCTTAATTTATACCATGATTGGGAGGTTGTTGGCGTCTATGAAGATGAATCTATCCAAGAGCATCGAAACTTCCTTAATCGGGCCTTATTGTGCTGGAATGGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057773710.1_34483
ATGCATCATTATGTTTCAGAGGTTTTCATGGATCGACTCAGTGAGTTGCCGGACTCGATAATATTTCACATATTTTGGTTGTTGCCTATTACCAATGTTGTTAGGACAACAATTCTATCGAAGCGCTGGGAAAACCTTTGGACCTCCACACCCTACCTTAATTTATACCATGATTGGGAGGTTGTTGGCGTCTATGAAGATGAATCTATCCAAGAGCATCGAAACTTCCTTAATCGGGCCTTATTGTGCTGGAATGGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773710.1
MHHYVSEVFMDRLSELPDSIIFHIFWLLPITNVVRTTILSKRWENLWTSTPYLNLYHDWEVVGVYEDESIQEHRNFLNRALLCWNGVRLLKFKFDSENEPYLSIYTDIDLWVGFAKHNRAEELYLHIQQFDTYVCNCDELNDAIYLVPQCLYSCSSLKVLSIKSCYFRIKGSVQWNHLKSLTIIDGYGVNGDVVNQILCGSPQLEVLIMPVVESGKSLCIRSTSLKELSINKHIDDKSTSKTELRIWTPNLETLETDGLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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