Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000410`

染色体: Chr07 坐标: 2833609-2836083 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000410`
名称	SmilChr07G000410
描述	uncharacterized SmilChr07G000410
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	2833609 - 2836083 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991605`
GeneID	`130991605`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991605`
原始查询	`SmilChr07G000410`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821707]; symbol=AT3G21530; hit=AT3G21530; species=arabidopsis; confidence=high
产物	DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821707]; symbol=AT3G21530; hit=AT3G21530; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G21530` (AT3G21530) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821707] identity=55.7; qcov=0.877; evalue=9e-158; confidence=high
Rice	`Os07g0645500` - identity=47.4; qcov=0.952; evalue=1.08e-129; confidence=high
GO	GO:0003824 (catalytic activity); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0006506 (GPI anchor biosynthetic process)
KEGG	-
Pfam	PF03372 (Exo_endo_phos)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991605

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057771885.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057771885.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057771885.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771885.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771885.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:2833882`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,D11
`Chr7:2833883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B138,B74
`Chr7:2833963`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr7:2834029`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C40,D8
`Chr7:2834197`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B12,B13,B55,C62
`Chr7:2834227`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr7:2834245`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr7:2835060`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr7:2835064`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,B8
`Chr7:2835105`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B28
`Chr7:2835105`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B28
`Chr7:2835148`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771885.1

481 aa

240

481

Exo_endo_phos

PF03372 Exo_endo_phos 211-441 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771885.1`	Pfam	`PF03372`	Exo_endo_phos	Domain	211	441	1.2e-10	42.2	Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915902.1
TAGCTAACTCATTGAAATAGTGCCTCGTTTTTTCTTCTTCTATGCTCCTAACAACAATAAAAAGTCTTGTTTCACAGGTGGGAGTTGTTGTGTTTTTTTAGTCATGACAAAAAGCAAGATTTGACTAATCACTCACTCCCAACATTTGTCAACCCCAAAATTAAGAAATACAAAAATCCAGTGTTTAAAGATATGCTCTTTTGTCTCAAAAATATTCATCTCAATTTCCAACAAAAATAACTAAATCTTGTGCTTCCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991605
ATGCAATCAAGGTGCGCCAATCATGTCTCCAACATGCTGTACGTCCTCAGCCGGCGGCTCCGCCGCCTCTGCTCCACGATCCGGTGGCTCGTGTGGCGGCGCCGCCCCCGCCCCCGTCTCATCATCCGCCGCCTCGGCCGGCTCAACTCCGTAGGCCACCGCAGAAAGAAGCTCGATCCGAGCGGTCCGAACGGCGGCGGTGGCGGGCGGCGGCCTATCCGCCTCGCGACGTTCAACGCCGCCTTGTTCTCTCTCGCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771885.1
MQSRCANHVSNMLYVLSRRLRRLCSTIRWLVWRRRPRPRLIIRRLGRLNSVGHRRKKLDPSGPNGGGGGRRPIRLATFNAALFSLAPAVPTAERSVVLVQEEGDSLKIPKGILKQSPLHPMTNTNTNTNTNTNTNVSENAHEGKFVKPRPKVSINLPENEISMAHDRVLTNSVVGDPLESSFRFNNNTALSAMRSPICFPTWWSGATLCGTRTVYDVLKEVDADILSLQDVKADEADDMKPLSELASALGMSYVFAESWA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器