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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000464

染色体: Chr07 坐标: 3268767-3270119 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000464
名称SmilChr07G000464
描述beta-D-glucosyl crocetin beta-1,6-glucosyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3268767 - 3270119 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993054
GeneID130993054
locus_tag-
NCBI NameLOC130993054
原始查询SmilChr07G000464

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-D-glucosyl crocetin beta-1,6-glucosyltransferase-like
产物beta-D-glucosyl crocetin beta-1%2C6-glucosyltransferase-like
ArabidopsisAT5G65550 (AT5G65550)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836681]
identity=29.5; qcov=1; evalue=1.82e-56; confidence=low
RiceOs07g0672700
-
identity=39.8; qcov=1.03; evalue=1.61e-100; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993054

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057773757.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057773757.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773757.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773757.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773757.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3268771 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 2 A13,B137
Chr7:3268771 CT C 1bp_deletion CDS_variant 2 A13,B137
Chr7:3268867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr7:3268869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr7:3268963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B130,C28,C68,C81
Chr7:3268964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B130,C28,C68,C81
Chr7:3268986 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,C4,C86
Chr7:3269136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr7:3269140 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B16,B61,C62,D2
Chr7:3269182 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 6 A21,B140,B80,C33,C46,C51
Chr7:3269183 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 6 A21,B140,B80,C33,C46,C51
Chr7:3269190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773757.1
450 aa
N
1
225
450
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 7-223 aa PF00201 UDPGT 266-386 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773757.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 7 223 2.2e-11 44.8 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057773757.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 266 386 6.7e-27 95.2 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917774.1
ATGGACACAAATCAAACTAGTTTGAGCATTCTAATGTTCCCATGGATAGCTCATGGACACATATACCCCTACCTTGAACTAGCCAAAAACCTCTCAAACCACAACTTCCAAATCCACTATTGCTCAACCCTAATCAATCTCACATCCATCAAAAAAACCCTAGCAACATCTCCCACACTTGGTGTCCCACTCCGTCTAATCGAGCTCCGCCTCCCGGCCACCCTGGACCTCCCACCGGAGCTCCACACCACCAAAAACGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993054
ATGGACACAAATCAAACTAGTTTGAGCATTCTAATGTTCCCATGGATAGCTCATGGACACATATACCCCTACCTTGAACTAGCCAAAAACCTCTCAAACCACAACTTCCAAATCCACTATTGCTCAACCCTAATCAATCTCACATCCATCAAAAAAACCCTAGCAACATCTCCCACACTTGGTGTCCCACTCCGTCTAATCGAGCTCCGCCTCCCGGCCACCCTGGACCTCCCACCGGAGCTCCACACCACCAAAAACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773757.1
MDTNQTSLSILMFPWIAHGHIYPYLELAKNLSNHNFQIHYCSTLINLTSIKKTLATSPTLGVPLRLIELRLPATLDLPPELHTTKNAPPTLIPKLHEAFHRSRSNFYAIISSLKPDLLIYDCFQPWAASTASALGIPAVYFSVSSAATYSFHHHLYTVKNSPFPYDAMYLRGHEERAFKRTIVGKILEEDEQEHAFAFFKQSREIVLIKTSRILEGKYIDYLSLLCKRIQIPVGSLITSSSSTKDDDDDQTKMIMKWLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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