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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000594

染色体: Chr07 坐标: 4056473-4060002 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000594
名称SmilChr07G000594
描述chaperone protein dnaJ 49
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4056473 - 4060002 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991867
GeneID130991867
locus_tag-
NCBI NameLOC130991867
原始查询SmilChr07G000594

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述chaperone protein dnaJ 49
产物chaperone protein dnaJ 49
ArabidopsisAT5G49060 (AT5G49060)
DnaJ heat shock amino-terminal domain protein (DUF1977) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834965]
identity=56.2; qcov=0.997; evalue=1.68e-121; confidence=high
RiceOs05g0364500 (OsDjC48)
-
identity=49.3; qcov=1.04; evalue=7.58e-117; confidence=high
GOGO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0030433 (GO:0030433); GO:0030544 (Hsp70 protein binding); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0071218 (cellular response to misfolded protein)
KEGGsmil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00226 (DnaJ); PF09320 (DUF1977)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991867

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057772271.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057772271.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772271.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772271.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772271.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4058474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:4058606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:4058779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,C26,C79
Chr7:4058855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:4059057 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A6
Chr7:4059057 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 A6
Chr7:4059060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr7:4059105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B45,B83,C59
Chr7:4059226 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 18 A13,A7,A9,B114,B12,B121,B134,B24,B32,B4,B76,B87,B99,C20,C70,C87,C9,D9
Chr7:4059248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B45,B83,C59
Chr7:4059286 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr7:4059352 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772271.1
353 aa
N
1
176
353
DnaJ
DUF1977
C
PF00226 DnaJ 107-168 aa PF09320 DUF1977 265-335 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772271.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 107 168 3.3e-25 88.7 DnaJ domain
XP_057772271.1 Pfam PF09320 DUF1977 Family 265 335 2.6e-09 37.9 Domain of unknown function (DUF1977)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916288.1
AAGACAAATGGAAAATCAATGTGTGCAAATTGACTTGTCACATTTCAATTGGTTGACAATTAGGGCACTATATATTTGCACCTATACATATTCCTCTCGTGTCATCTCACTCTTGCTCTTTCTCTCTCTACGAGTCGGACCAGTCGGTCATGGGATTACGGATCTAATACTTATAGTTAGGGGAAATTGTGGTATTTTGGGTGATCGACGGTGAACTTGATGCAGTAGGGTGTGGATGAATTTCTGAATTGATGATTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991867
ATGGATAGCAACAAAGATGAGGCGTTGAGATGTATAAACATTGCGAAAGAGGCAATTGCAGCAGGTAATAAGCAAAGAGCCGTGAAATTTATTGGCATTGCTCGCCGCCTTAACCAGAGTTTATCCGTGGATGATCTCTTGGCCGCTTGTGAGAATCTCGATTCCTCGTCTTCTGCCGGCCCATCTAGTAATGTGAAGAAGGCTTCCACGGTGAAGACCGATCAGGGTGCTGCCGCAAATTCTGATGGGATTTCAAACGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772271.1
MDSNKDEALRCINIAKEAIAAGNKQRAVKFIGIARRLNQSLSVDDLLAACENLDSSSSAGPSSNVKKASTVKTDQGAAANSDGISNGERNYTDEHVLLVRQIKTKKDYYAILGVEKSCSVEEIRKAYRKLSLKVHPDKNKAPGSEEAFKKVSKAFKCLSEDESRRQYDQTGLVDEFEHNQQYQTRRRRRRTGNDFFDDEFDPDEIFRAFFGQRDAFRNAHVYRTRTHTAAAHQREDLGNTGPSLMLLLQLLPFLIIILLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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