同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000747

染色体: Chr07 坐标: 5254648-5257192 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr07G000747
名称SmilChr07G000747
描述heat shock cognate 70 kDa protein 2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5254648 - 5257192 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991792
GeneID130991792
locus_tag-
NCBI 名称LOC130991792
原始查询SmilChr07G000747

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heat shock cognate 70 kDa protein 2-like
产物heat shock cognate 70 kDa protein 2-like
拟南芥AT5G02500 (HSC70-1)
heat shock cognate protein 70-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831020]
identity=70.2; qcov=1.0; evalue=0.0; confidence=high
水稻Os05g0460000 (OsctHSP70-1)
-
identity=71.83; qcov=0.998; evalue=0.0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0031072 (heat shock protein binding); GO:0034620 (cellular response to unfolded protein); GO:0042026 (protein refolding); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0051787 (misfolded protein binding); GO:0140662 (ATP-dependent protein folding chaperone)
KEGGsmil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00012 (HSP70); PF06723 (MreB_Mbl)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991792

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞质基质 1.00000 XP_057772176.1
2 细胞质 0.80000 XP_057772176.1
3 细胞核 0.40000 XP_057772176.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5254791 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,D8
Chr7:5254864 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B5,B9,C12,C50
Chr7:5254881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B5,B9,C12,C50
Chr7:5254929 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 56 A11,A21,A25,A3,A4,A8,B10,B101,B109,B111,B114,B127,B13,B133,B138,B140,B29,B3,B31,B32,B38,B39,B4,B42,B43,B5,B51,B52,B53,B58,B65,B69,B71,B91,B95,C11,C15,C17,C26,C3,C30,C33,C37,C39,C40,C47,C54,C6,C61,C65,C69,C75,C79,D4,D5,D6
Chr7:5254934 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 37 A11,A21,A25,A3,A4,B101,B109,B111,B127,B13,B133,B138,B29,B31,B32,B42,B43,B51,B53,B71,B91,B95,C11,C15,C26,C30,C33,C37,C47,C54,C6,C61,C69,C75,C79,D4,D5
Chr7:5254935 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 38 A11,A21,A25,A3,A4,B101,B109,B111,B127,B13,B133,B138,B29,B31,B32,B42,B43,B51,B53,B71,B91,B95,C11,C15,C26,C30,C33,C37,C40,C47,C54,C6,C61,C69,C75,C79,D4,D5
Chr7:5254978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr7:5255020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr7:5255039 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C2
Chr7:5255070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B132
Chr7:5255095 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 153 A1,A10,A14,A15,A16,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A6,A7,B1,B102,B104,B107,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B117,B118,B119,B120,B124,B128,B129,B13,B132,B133,B135,B136,B137,B14,B140,B19,B2,B21,B23,B24,B29,B30,B31,B32,B33,B35,B36,B37,B39,B40,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B5,B55,B56,B59,B61,B63,B64,B65,B66,B68,B71,B72,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B86,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B96,B97,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C2,C20,C21,C23,C24,C25,C27,C28,C29,C32,C35,C39,C40,C41,C42,C43,C48,C50,C51,C52,C55,C56,C57,C6,C60,C62,C63,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C74,C76,C77,C80,C81,C82,C83,C85,C9,D1,D10,D2,D3,D5,D6,D7,D9
Chr7:5255096 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B100,B132

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772176.1
629 aa
N
1
314
629
HSP70
MreB_Mbl
C
PF00012 HSP70 9-614 aa PF06723 MreB_Mbl 129-381 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057772176.1 Pfam PF00012 HSP70 Family 9 614 1.2e-234 780.7 Hsp70 protein
XP_057772176.1 Pfam PF06723 MreB_Mbl Family 129 381 3.8e-17 62.9 MreB/Mbl protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916193.1
GTTCGCAACTATTCAACACAAGAAGTAGTTGTTGTTAGACTTGGTCAACACGATTATGACTGAAGAGAGTGCTATCCAATGCAGGAAGTAGAACTAGTGGTGTCTGTGAGTCTTGTTTAATTCAACAAGTAGCGGCGGTCAGATTTGTTCGACACAGAATTTCTTTAATCCTTTCGACACCATTGTAGCTTGCAAAAGATAGCATCATCAATGGTGGGACAGGGCCAAGAACGGGCGATTGGGATCGATTTGGGGACGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057772176.1_35331
ATGGTGGGACAGGGCCAAGAACGGGCGATTGGGATCGATTTGGGGACGACGTATTCATGCGTGGCAGCATGGCAGCACGACCGCGTTGAGATCATACCCAATGATCAGGGCAACCGCACCACGCCGTCTTACGTGGCTTTCACCGACTCTGCTCGTCTCATCGGTGATGCCGCCAAGAATCAAGCCAAACTTAGTCCTACTAACATTGTTTTTGATTCAAAAAGGCTGGTTGGTCGCAAATTCAGTGACCCAACGGTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772176.1
MVGQGQERAIGIDLGTTYSCVAAWQHDRVEIIPNDQGNRTTPSYVAFTDSARLIGDAAKNQAKLSPTNIVFDSKRLVGRKFSDPTVQNDMILWPFKVIPDPTNKPVIVVTYKGEEKQFSAEEISSMVLTKMKDIAEAYLGSTVKNAVVTVPAYFNDSQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKTAITFGEKNVLIFDLGGGTFDVSLVTIEWGAIEVKAITGDTHLGGQDFDNRMVNHLIEELKRKHDKDIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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