当前解析结果
SmilChr07G000747| 统一基因 ID | SmilChr07G000747 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000747 |
| 描述 | heat shock cognate 70 kDa protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 5254648 - 5257192 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130991792 |
|---|---|
| GeneID | 130991792 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130991792 |
| 原始查询 | SmilChr07G000747 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heat shock cognate 70 kDa protein 2-like |
| 产物 | heat shock cognate 70 kDa protein 2-like |
| 拟南芥 | AT5G02500 (HSC70-1)heat shock cognate protein 70-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831020] identity=70.2; qcov=1.0; evalue=0.0; confidence=high |
| 水稻 | Os05g0460000 (OsctHSP70-1)- identity=71.83; qcov=0.998; evalue=0.0; confidence=high |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0031072 (heat shock protein binding); GO:0034620 (cellular response to unfolded protein); GO:0042026 (protein refolding); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0051787 (misfolded protein binding); GO:0140662 (ATP-dependent protein folding chaperone) |
| KEGG | smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00012 (HSP70); PF06723 (MreB_Mbl) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991792 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057772176.1 |
| 2 | 细胞质 | 0.80000 | XP_057772176.1 |
| 3 | 细胞核 | 0.40000 | XP_057772176.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:5254791 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B25,D8 |
Chr7:5254864 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B108,B5,B9,C12,C50 |
Chr7:5254881 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B108,B5,B9,C12,C50 |
Chr7:5254929 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 56 | A11,A21,A25,A3,A4,A8,B10,B101,B109,B111,B114,B127,B13,B133,B138,B140,B29,B3,B31,B32,B38,B39,B4,B42,B43,B5,B51,B52,B53,B58,B65,B69,B71,B91,B95,C11,C15,C17,C26,C3,C30,C33,C37,C39,C40,C47,C54,C6,C61,C65,C69,C75,C79,D4,D5,D6 |
Chr7:5254934 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 37 | A11,A21,A25,A3,A4,B101,B109,B111,B127,B13,B133,B138,B29,B31,B32,B42,B43,B51,B53,B71,B91,B95,C11,C15,C26,C30,C33,C37,C47,C54,C6,C61,C69,C75,C79,D4,D5 |
Chr7:5254935 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 38 | A11,A21,A25,A3,A4,B101,B109,B111,B127,B13,B133,B138,B29,B31,B32,B42,B43,B51,B53,B71,B91,B95,C11,C15,C26,C30,C33,C37,C40,C47,C54,C6,C61,C69,C75,C79,D4,D5 |
Chr7:5254978 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr7:5255020 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C64 |
Chr7:5255039 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,C2 |
Chr7:5255070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,B132 |
Chr7:5255095 |
T |
TCC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 153 | A1,A10,A14,A15,A16,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A6,A7,B1,B102,B104,B107,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B117,B118,B119,B120,B124,B128,B129,B13,B132,B133,B135,B136,B137,B14,B140,B19,B2,B21,B23,B24,B29,B30,B31,B32,B33,B35,B36,B37,B39,B40,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B5,B55,B56,B59,B61,B63,B64,B65,B66,B68,B71,B72,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B86,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B96,B97,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C2,C20,C21,C23,C24,C25,C27,C28,C29,C32,C35,C39,C40,C41,C42,C43,C48,C50,C51,C52,C55,C56,C57,C6,C60,C62,C63,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C74,C76,C77,C80,C81,C82,C83,C85,C9,D1,D10,D2,D3,D5,D6,D7,D9 |
Chr7:5255096 |
C |
CCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B100,B132 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772176.1PF00012
HSP70 9-614 aa
PF06723
MreB_Mbl 129-381 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772176.1 |
Pfam | PF00012 |
HSP70 | Family | 9 | 614 | 1.2e-234 | 780.7 | Hsp70 protein |
XP_057772176.1 |
Pfam | PF06723 |
MreB_Mbl | Family | 129 | 381 | 3.8e-17 | 62.9 | MreB/Mbl protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。