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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000972

染色体: Chr07 坐标: 7045706-7048433 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000972
名称SmilChr07G000972
描述probable inactive receptor kinase At2g26730
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7045706 - 7048433 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992122
GeneID130992122
locus_tag-
NCBI NameLOC130992122
原始查询SmilChr07G000972

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inactive receptor kinase At2g26730
产物probable inactive receptor kinase At2g26730
ArabidopsisAT2G26730 (AT2G26730)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817214]
identity=33; qcov=1.05; evalue=3.42e-95; confidence=low
RiceOs09g0376600
-
identity=39; qcov=1.07; evalue=4.07e-114; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992122

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772615.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772615.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772615.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772615.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772615.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7045967 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr7:7046145 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C1
Chr7:7046170 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B75
Chr7:7046170 TGC T 2bp_deletion CDS_variant 1 B75
Chr7:7046230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr7:7046259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr7:7046334 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:7046375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr7:7046509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B20,B49
Chr7:7046520 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B86
Chr7:7046746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr7:7046747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772615.1
609 aa
N
1
304
609
LRR_1
LRR_1
LRR_1
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF00560 LRR_1 103-125 aa PF00560 LRR_1 127-149 aa PF00560 LRR_1 151-168 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 357-497 aa PF00069 Pkinase 358-499 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772615.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 103 125 1.2e-10 40.0 Leucine Rich Repeat
XP_057772615.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 127 149 1.2e-10 40.0 Leucine Rich Repeat
XP_057772615.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 151 168 1.2e-10 40.0 Leucine Rich Repeat
XP_057772615.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 357 497 1.8e-13 51.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057772615.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 358 499 5.2e-13 49.7 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916632.1
TATAAATTACTACCCATAACTCATTCCACTGTTTCCGCAGTCGCTGTTAGTTTCTGTCAGCATTTCCATTTCATTTTCACTTGCCACGAACTCATTGTAAATTCAACCAATTGGTGTTCCTCACCCATTCTTAACACAATCGAAGGTTGTTATAACACTATTTTCCTTAGATGATACTGATCAAGATGATTAATCGAGCTCAATTATGGTTAATCCTGAGCACATGGATTCTGATCTCACCATCAACATCAAATGCAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992122
ATGATACTGATCAAGATGATTAATCGAGCTCAATTATGGTTAATCCTGAGCACATGGATTCTGATCTCACCATCAACATCAAATGCAGAAACAGATGAGGTGCGAAACGCACTCGCCCTGTTCATGAAGACGATTTCCCTCGGGAATGCGGAAGCCAACTGGGGTTGGAACGCCACTTCCGACCCATGTAACGACGGATGGAAAGGAATCACGTGTTACAACAACACGCCCACCGTCAGGAAAATAGTCCTCGACGACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772615.1
MILIKMINRAQLWLILSTWILISPSTSNAETDEVRNALALFMKTISLGNAEANWGWNATSDPCNDGWKGITCYNNTPTVRKIVLDDLNLTGTIDAAALCAAASLTVLSLNSNRVAGPLPEDISKCRKLTHIYLHGNSLSGSLPASLSRLNNLKRFDVSGNGFSGGIPDFSRISGLLTFLAQNNRLNGSMPNFDFSNLDDFNVSNNDLSGAIPDGGGGFNASRFSGNPRLCGPPLPNTCPPPPRKKSASSKKDYFIYSGYA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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